《黄帝内经》在形成过程中吸取了《易经》的许多思想，发展成许多重要的医学理论学说，如“阴阳学说”、“藏象学说”、“五行学说”等（这些在《黄帝内经》中都有充分表达），故人们称之为“易医同源”。

《易经》是描述宇宙万物及自然界的一本理论书，《黄帝内经》是跟宇宙万物有联系的关于人的一本理论书。《黄帝内经》中的阴阳五行理论体系主要来自于《易经》的理论。