我国在珊瑚礁恢复方面的研究还处于起步阶段，需要从多方面进行开展。

（1）扩大保护区面积。目前最直接的珊瑚礁保护方法就是阻止破坏，成立保护区。扩大保护区面积，可以保护珊瑚礁生态系统的生物多样性，减缓珊瑚礁的退化。正如Epstein在红海地区比较了不同大小的保护区对珊瑚礁恢复的影响，发现如果只是简单的隔离，只有大的保护区才能起到作用（Epstein等，2005）。1975年澳大利亚就成立了1个珊瑚礁保护区，到2004年已经把此保护区的面积扩大了6倍多。

（2）加强保护区的管理，普及珊瑚知识。保护区不应只是简单地保护珊瑚礁生态系统，还应进行必要的恢复研究。对保护区人员进行培训，进行基本的恢复研究，如对长棘海星的防治、对石珊瑚的移植等。保护区还要处理好旅游和保护之间的关系，正确安排核心区和缓冲区，还要普及珊瑚知识提高人们的保护意识。

（3）加强珊瑚礁生态恢复机制的研究。在对受损区域进行恢复时，要考虑到该海域与珊瑚来源海域的不同，增加过渡期，减少移植珊瑚的死亡率。另外在移植之前要进行必要的可行性评估。此外，还要考虑到移植珊瑚的基因问题。如果移植的珊瑚都是来自相近的母体，那么该海域的珊瑚基因库就非常小，在种类的进化、抵抗疾病、基因构建等方面会失去动力，同时还影响到当地种，引起较高的遗传漂变，当地种可能消逝。遗传学方面的研究已经取得了一些有意义的结果，可为珊瑚移植种类的选择提供依据，使移植珊瑚更好地适应移植海域的气候、底质以及生物环境等。使用遗传学理论指导珊瑚礁恢复的策略在今后应该得到重视（Rinkevich，2005）。过去的十几年是珊瑚礁生态恢复工作的第1个阶段，是从最初的理论到实践的阶段，目标也只是简单地替换死亡的珊瑚。今后除了重建以前的结构，还应力图恢复生态系统的功能。随着遗传学、分子生物学和理论生态学等学科的引入，会有更多的理论和方法被提出，相信今后我国珊瑚礁的生态恢复工作会取得更大成绩。