以我国为例，我国大陆建立多个与珊瑚礁保护有关的自然保护区（见第三篇表13-4）。

但是，由于缺乏系统的管理方法，珊瑚礁的生态保护与管理工作仍然存在很多问题：①没有正式的管理机构，没有专门的管理队伍；②经费投入较少，缺乏管理设备，甚至没有执法船，较难进行日常管理工作；③管理人员专业素质不够，缺乏相关生态学专业人员；④ 地方生态旅游和水产养殖管理相对滞后（王丽荣等，2004）。

在珊瑚礁生态保护和管理方面，应该本着自然优先的原则，保护自然资源，管理过程中要综合考虑经济效益、生态和社会目标多个标准，综合分析（Fernandes等，1999）。有菲律宾学者在20世纪70年代中期发现珊瑚礁环境恶化与渔业产量减少之间有一定的关系。20世纪80年代初，社会学家便开始要求注意生态灾难后果的研究，同时呼吁采取一种基于社区的海岸资源管理模式。由于牙买加珊瑚礁不断受威胁，全流域珊瑚礁管理的方法被提出，就是要保护岛屿附近受损的地区，包括珊瑚礁和海岸带，并与周围的流域作为一个单元进行管理（Bailey，1984）。