珊瑚礁破坏的原因有很多，可以分为自然因素以及人为因素。海水温度升高、海洋酸化、臭氧消耗、自然灾害等都是导致珊瑚礁破坏的自然因素，而破坏性捕鱼、海水污染、珊瑚礁开采、旅游开发等人为因素也会破坏珊瑚礁生态系统（李元超等，2008）。

1.海水升温

因为人类大量使用化石燃料，同时森林被大面积地破坏，二氧化碳等温室气体在大气中的含量越来越高。珊瑚对温度很敏感，海水升温使珊瑚释放掉与其共生的虫黄藻（虫黄藻80%的光合产物会提供给珊瑚，还会使珊瑚带有颜色），从而使珊瑚出现不同程度的“白化现象”（ Gates，1990）。

2.自然灾害

珊瑚礁会被海啸、飓风等自然灾害破坏，一旦被破坏需要数百年才可以恢复。此外长棘海星等生物也会以珊瑚为食，破坏珊瑚礁（Morgan，2005）。

3.二氧化碳

二氧化碳在大气中的含量增加，使海水pH降低，海水碳酸盐浓度下降，这也就使得珊瑚骨骼生长的原材料越来越少，珊瑚富集碳酸盐的能力降低，珊瑚骨骼钙化速度变慢。如果海水中二氧化碳含量超过550μmol/mol，珊瑚就不能再从海水里富集碳酸盐（Hoegh-Guldberg等，2007）。

4.破坏性捕鱼

有些渔民在捕鱼的时候会采用氰化物毒杀、炸药炸鱼等极端手法，这些手段会对珊瑚礁造成破坏（Helen等，2007）。

5.其他因素

CFCs等化学物质使臭氧层越来越薄，导致到达海面的紫外线强度以及种类增加，这会对浅水区域珊瑚礁造成破坏。一些地方珊瑚礁会被用作建筑、铺路的材料，或者用来烧制石灰，也有用来制作纪念装饰品的，这会造成珊瑚礁大量开采。石油、农药等造成海水污染，会增加海水中营养盐的含量，发生藻华，使珊瑚虫得不到充足阳光而死亡。旅游区各种垃圾、污水，以及游客自行采摘也会对珊瑚礁造成破坏（李元超，2008）。