至今，国内外尚没有出台统一的生态恢复程序。在实践中，针对不同的恢复类型，所遵循的恢复程序不同；对于同一恢复类型，不同学者所实施的程序也不同。

章家恩等（1999）提出退化生态系统的恢复一般分为以下几个步骤：①明确被恢复的对象，确定系统边界；②退化生态系统的诊断分析，包括生态系统的物质与能量流动及转化分析、退化主导因子、退化过程、退化类型、退化阶段与强度的诊断与辨识；③生态退化的综合评判、确定恢复目标；④ 退化生态系统恢复的自然—经济—社会—技术可行性分估；⑤ 恢复的生态规划与风险评估，建立优化模型，提出对策与具体的实施方案；⑥ 进行实地恢复的优化模型试验与模型研究，通过长期定位观测试验，获取在理论和实践中具有可操作性的恢复模式；⑦ 对一些成功的恢复模式进行示范与推广，同时要加强后续的动态监测与评估。

毋瑾超等（2013）提出的海岛生态恢复工作技术路线如图9-1。他们将工作流程分为六个阶段，分别为资料收集阶段、外业调查阶段、方案编制阶段、组织实施阶段、项目验收阶段、评估及维护阶段。

图9-1　海岛整治恢复总体流程（引自毋瑾超等，2013）

对海岛等对象的恢复流程，必须将工程系统与生态系统二者结合，既要考虑传统的工程作业流程，又要同时满足生物栖息环境的需要。为此，有学者提出了生态工程操作流程（图9-2）。

结合技术程序与管理程序，在我国海洋生态恢复程序大致可分为四个阶段，即立项（准备）、计划（编制实施方案）、实施（方案的实施）和成效评估（成果总结评估和后续工作）。

图9-2　生态工程操作流程（引自郭一羽，2006）