生态系统健康的提法最早源于“土地健康”，但未引起足够的重视。随后科学家们一直对是否发展生态系统健康学说应用于生态系统评价和管理存在争议。随着研究的逐步开展，生态系统健康在河流、湖泊和森林生态系统健康评价等领域取得了一定的成果，但学术界在生态系统健康的定义方面尚未达成共识。直至1989年，Rapport对生态系统健康提出一个较为明确的定义，即生态系统健康是指一个生态系统在面对环境胁迫时，所具有的维持自身结构和功能、自我调节和自我恢复的能力，应该具备一定的稳定性和可持续性（见插文）。Costanza等在1992年出版的《生态系统健康：环境管理新目标》（Ecosystem Health: new goals for environment management）中，对生态系统健康进行了定义：一个生态系统如果是稳定的和可持续的，也就是说，如果生态系统具有活力，能保持本身的结构，具有自主性，在压力下能够恢复的话，这个生态系统就是健康的和未患“不适综合征”的。国际生态系统健康学会对生态系统健康学的定义如下：研究生态系统管理的预防性的、诊断性的和预兆的特征，以及生态系统健康与人类健康之间关系的一门科学；其主要任务是研究生态系统健康的评价方法、生态系统健康与人类健康的关系、环境变化与人类健康的关系以及各种尺度生态系统健康的管理方法。

生态系统健康的七个特征

不受对生态系统有严重危害的生态系统胁迫综合征的影响；

具有恢复力，能够从自然的或人为的正常干扰中恢复过来；

在没有或几乎没有投入的情况下，具有自我维持能力；

不影响相邻系统，不会对别的系统造成压力；

不受风险因素影响；

在经济上可行；

维持人类和其他有机群落健康。

来源：肖风劲和欧阳华，2002

关于海洋生态系统健康，目前尚无明确定义，只是各位学者研究提出的概念。Epstein等在1994出版的《全球变化与传染性疾病的发生》（Global Changes and Emergence of Infectious Diseases）中对海洋生态系统健康的解释如下所述：系统必须维持新陈代谢活动水平、内部结构和组织，能够在较大的时间和空间范围内抵抗压力，这样的系统才是健康的和可持续的。2005年，我国国家海洋局在中国海洋行业标准《近岸海洋生态健康评价指南》（HY/T087-2005）中给出了海洋生态系统健康的定义：海洋生态系统健康是指生态系统保持其自然属性，维持生物多样性和关键生态过程稳定并持续发挥其服务功能的能力。