高强度的海洋开发、频发的海洋灾害、日益恶化的海洋环境促使人们越来越关注海洋生态系统。海洋管理者、决策者、开发利用者、保护者与普通公众均表达了了解海洋生态系统所处状态的需求。海洋生态系统健康即是回应这些需求而产生与发展的理论之一。海洋生态系统健康反映了海洋生态系统的综合特征，对其开展评价研究是了解由自然因素或人类活动造成的海洋生态系统破坏程度的重要手段。在开展海洋生态恢复工作时，海洋生态系统健康的评价结果将有助于恢复目标的确定与恢复方案的设计。

海洋生态系统健康及其评价与海洋生态系统的恢复过程密不可分。海洋生态系统健康是海洋生态系统的综合特征，其评价目标是诊断由自然因素和人类活动引起的海洋生态系统的破坏或退化程度。只有通过合理的海洋生态系统健康评价，进行正确的健康状态诊断，才可以进一步采取相应的生态恢复对策及措施。例如，针对健康的海洋生态系统，可以采取建立自然保护区和海洋公园的方式进行生态预防；而针对较健康或亚健康的海洋生态系统，则需要采取禁渔、放流或人工增养殖的方式进行自然恢复和生态修复；针对处于不健康状态的海洋生态系统，则需要通过生态重建才能使近岸海洋生态系统恢复正常的功能。