恢复生态学几乎是基于生产实践而产生的一门学科。在学科理论体系上，它主要吸收了生态学的许多理论，并在长期的实践中，又发展了自己的理论，即自我设计理论和人为设计理论。

自我设计理论和人为设计理论不同点在于人为设计理论把恢复放在个体或种群层次上考虑，可能会有多种恢复结果；而自我设计理论把恢复放在生态系统层次上考虑，恢复的结果是完全由环境决定的生物群落。

任何一种生态因子，只要接近或超过生物的忍受极限从而阻碍其生存、生长、繁殖和扩散，就称为该生物的限制因子（limiting factors）。利比希最小因子定律和谢尔福德耐受定律在海洋退化生态系统的恢复中具有重要的指导意义。

在种群生态学的理论体系中，阿利氏规律和种间关系原理对海洋退化生态系统的恢复具指导意义。阿利氏规律（Allele’s law）的核心内容是任何一个生物种群都有自己的最适密度（optimum density），密度过高和过低对种群的生存和发展都是不利的。种间关系包括种间食物关系、种间竞争关系、种间共生关系和种间生化联系，它们把群落中的各种生物紧密地张弛有度地联系在一起，构成错综复杂的网络系统。

群落生态学理论是恢复生态学的主要理论基础，如生态位理论、生态演替理论、边缘效应理论和生物多样性原理。其中生态演替理论是海洋退化生态系统恢复的根本指导理论。生态演替就是指某一生物群落被另一生物群落所取代的过程，它的特征包括以下几方面。①生态演替是生物群落形成和发展的顺序过程。群落的物种组成随演替的进行不断改变，呈现出有规律、可预见的向着一定方向的发展。②生态演替的动因在于群落本身。物理环境虽然决定着演替的类型、演替的速度和发展的程度，但是演替是受群落本身所控制的。③生态演替是以稳定的生态系统为发展顶点。

在生态系统生态学的理论体系中，干扰-稳定性理论和阈值理论是海洋退化生态系统恢复中经常实践的两大理论，其中干扰-稳定性理论可为海洋退化生态系统的恢复起到根本性指导作用。干扰-稳定性理论认为，当生态系统受到干扰时，生态系统的结构和功能将发生改变。当干扰消除或减轻后，生态系统将会重新发展到原来稳定的状态，亦或建立新的稳定状态。