海洋退化生态系统（marine degraded ecosystem）主要是指在自然和人为干扰下形成的偏离原来状态的海洋生态系统。生态系统退化实际上是生态演替的一种类型，即系统在超载干扰下的逆向演替。

据海洋环境的分区、海洋生物的生态类群、引起生态系统退化的因素以及人类利用和保护海洋的对象，可将海洋退化生态系统分成不同的类型。其中根据人类对海洋资源的开发、利用和保护的对象，海洋退化生态系统又可划分为红树林退化生态系统、珊瑚礁退化生态系统、海藻（草）退化生态系统、滨海湿地生态系统、河口退化生态系统、海岸带退化生态系统、海湾退化生态系统、海岛退化生态系统和潮间带退化生态系统等。

海洋退化生态系统的普遍性特征如下：①生态系统环境质量下降，空间异质性程度降低；②生物个体小型化，种群密度降低；③群落物种组成简单，生物多样性减少；④ 生物生产力下降，生态效率降低；⑤ 生态系统服务功能降低，稳定性下降，生态景观结构破碎度高。

引起海洋生态系统退化的因素包括自然因素和人为因素。自然因素包括风暴潮、海冰、海啸、赤潮、全球气候变化和大气沉降等，人为因素包括海洋污染、围填海、海水养殖、外来种入侵和过度捕捞等。人为因素是目前引起海洋生态系统退化的主要因素。

诊断生态系统的退化，需要选取实用的诊断方法、诊断途径和诊断指标。常用的诊断方法有单途径单因子诊断法、单途径多因子诊断法、多途径综合诊断法。生态系统退化的诊断途径有生物途径、生境途径、生态系统结构与功能/服务途径和景观途径。用于海洋退化生态系统诊断的指标体系应包括生物层面、生境层面、生态系统层面和生态景观层面四个层面的指标。