相对于健康的生态系统，退化的生态系统是一种“病态”的生态系统。为了能够更好、更有效地修复和保护海洋退化生态系统，需对其退化程度进行诊断（董世魁等，2009），并寻求病因，也就是退化的原因。

诊断生态系统的退化，需要选取实用的诊断方法、诊断途径和诊断指标。常用的诊断方法有单途径单因子诊断法、单途径多因子诊断法和多途径综合诊断法（杜晓军等，2003）。由于退化生态系统是一个相对的概念，因此以健康的生态系统作为参照系，选取多途径综合诊断法进行诊断是比较合理和科学的方法：综合比较退化生态系统和健康生态系统多途径的观测调查指标，判断退化生态系统的退化状况和退化程度。实际工作中，理想的健康生态系统的选择是非常困难的，但它是保证诊断的准确性所必需的。也有学者提出，生态系统是否发生退化，退化的程度如何，关键取决于这个生态系统的服务功能是否降低了，降低的程度如何。因此，他们认为诊断生态系统退化只用生态系统的服务功能这一条途径就足够了。用于诊断生态系统退化的指标多种多样，但是不同类型的退化生态系统，选取的指标不尽相同；不同区域或不同尺度的同一类型的退化生态系统，在指标的选取上也有差异。陈彬等（2012）指出，在建立生态系统退化诊断的指标体系时，应遵循以下5个原则：指标的整体性原则、指标的概括性原则、指标的动态性原则、定性指标与定量指标相结合的原则、指标的层次性原则。与健康的生态系统比较，退化生态系统会在生境、生物群落、系统结构和功能以及生态景观等方面都表现出一定的退化特征。因此，生态系统退化的诊断途径有生物途径、生境途径、生态系统结构与功能/服务途径和景观途径等（杜晓军等，2003）。用于海洋退化生态系统诊断的指标体系也应包括生物层面、生境层面、生态系统层面和生态景观层面4个层面的指标（表6-4）。针对某一个特定的退化生态系统时，应根据实际情况针对性地从中选取某些特异性和有效性的指标，并根据这些指标的重要性给予不同的权重。