退化生态系统（degraded ecosystem）是指在自然或人为的干扰下形成的偏离原来的状态或者原有演变轨迹的生态系统（陈灵芝和陈伟烈，1995）。与健康生态系统相比，退化生态系统是一类“畸变”的生态系统，它是在一定的时空背景下，在自然因素或人为因素的干扰下，生态要素和生态系统整体发生的不利于生物（包括人类）生存的量变和质变过程（章家恩和徐琪，1997）。生态系统退化始于生态系统遭受干扰而损害，所以一般来讲退化生态系统就是受损生态系统，但是受损生态系统不一定是退化生态系统。由一个健康生态系统逆向演替为退化生态系统，除了生态系统由稳定状态退化为不稳定的脆弱状态外，生态系统的组成结构、生物生产力、生物间相互关系、食物网结构及其能量流动效率都会发生明显的改变（Daily, 1995；陈灵芝和陈伟烈，1995）。

海洋生态系统是全球生态系统的重要组成部分，是支撑人类生存和发展的一类特殊的生态系统。然而，随着人类对海洋资源的全球性的开发和利用，世界上几乎所有的海洋都在不同程度上受到了人类活动的直接或间接的影响。海洋退化生态系统（marine degraded ecosystem）主要是指在自然和/或人为干扰下形成的偏离原来状态的海洋生态系统。例如，在牙买加地区，由于当地人们的过度捕捞导致整个地区的珊瑚礁被破坏，大型底栖藻类因过度繁殖而将其替代；在洛杉矶湾，双壳类外来物种的入侵，导致整个洛杉矶湾当地物种的消失以及整个生态系统结构和功能的改变，最终导致洛杉矶湾生态系统严重退化。