生态系统由生物成分和非生物成分组成，物质和能量通过食物链在营养级之间传递和转化，信息传递伴随物质循环和能量流动进行。海洋生态系统的食物链包括植食食物链、碎屑食物链和微食物环，三者相互衔接、相互耦合，共同完成整个系统的物质循环和能量流动。

海洋生态系统与陆地生态系统相比，海洋中生产者为体型较小的浮游植物和微生物；海洋动物作为消费者，因活动场所广阔所以种类比海洋植物更加丰富；海洋生产者转化为初级消费者的物质循环效率更高；海洋生物分布范围广，海洋面积大且连续分布，有利于海洋生物扩散和迁移。海洋生态系统与淡水生态系统相比，物种种类丰富、数量极大；营养结构复杂；抵抗力稳定性较强，恢复力稳定性较弱；同时无机环境与淡水生态系统相比差异较大。