在海洋事业（含开发、利用、保护、权益、研究等）活动中发生的指挥、协调、控制和执行实施总体过程中产生的行政与非政府的一般职能，即是海洋管理（鹿守本，1997）。所谓海洋管理是指政府以及海洋开发主体对海洋资源、海洋环境、海洋开发利用活动、海洋权益等进行的调查、决策、计划、组织、协调和控制工作。海洋管理的本质是在政府政策和有关法律法规的指导下，对海洋资源、环境及其开发利用活动进行计划、组织、协调和控制（管华诗和王曙光，2003）。

大量实例表明，有效的管理是海洋生态恢复成功与否的一个重要环节。正如种树，要获得成功，必须做到三分栽种、七分管理。

生态恢复项目（工程）的管理，对于一个区域或流域的环境治理、生态恢复尤为重要，应贯穿全过程。日本琵琶湖（淡水湖泊）在20世纪五六十年代富营养化十分严重。为了改善水质、恢复其生态系统的服务功能，当地政府从1972年起，制订了计划，总投资约1800亿元人民币，经过了30多年的综合整治，到本世纪初，水质有了明显好转。所得到的经验如下：①严格控制氮、磷污染源，管网及大型污水处理设施建设着眼于未来长远规划，而污染深度处理的除氮脱磷技术的普及是污染源系统控制的关键；②大力提高森林覆盖率以减少面源污染的产生，改善水源涵养及流经生境；③切实做到有法必依、执法必严、实行依法治湖；④ 高度重视环境教育及公众参与；⑤ 积极推动各科研机构对环境问题的研究（余辉，2013）。

在海洋生态恢复工作中，发挥政府和修复主体单位的主要管理作用，广泛吸收公众参与管理至关重要。

海洋生态恢复管理应包括组织管理，行政审批，规划的制定，组织有关技术标准、规范和指南的编制，技术监督，修复程序监督、财务检查，组织成果验收等，管理应当贯穿修复全过程。对于较大的海洋恢复工程，尤其要加强统一协调，防止各自为政、互相保密、分散和重复。对于跨行政海区进行生态恢复，最好是建立领导小组、统一指挥。

在我国，为了更好地推进海洋生态恢复工作，建议制定国家和省（市）海洋生态恢复规划，并将海洋生态恢复纳入国家和沿海省（市）国民经济规划和财政预算中。

对于海洋生态恢复工作中，新出现的问题应当进行调研，妥加解决。国家有关部门、沿海地方政府对海洋生态恢复的管理职责分工，进行河口和海域生态恢复要不要进行环境影响评价、海域使用论证，引进外地修复生物物种由哪个部门审批，生态恢复的监测、监视由谁实施，私营公司参与海洋生态恢复的权利保障，公众的科技普及和参与等，都是海洋生态恢复工作值得重视的管理问题。

最后，应当提倡在海洋生态恢复管理体系的建设中理念、模式和服务的创新。