1995年，国际恢复生态学会发布了再次修改的生态恢复定义，即生态恢复是帮助研究整合性的恢复和管理过程的科学，生态整合性包括生物多样性、生态过程和结构、区域及历史情况、可继续的社会实践等广泛的范围。

何兴元（2004）认为，生态恢复是指根据生态学原理，通过一定的生物、生态以及工程的技术与方法，人为地改变和切断生态系统退化的主导因子或过程，调整、配置和优化系统内部及其与外界的物质、能量和信息的流动过程及时空秩序，使生态系统的结构和组成保持一定的完整性，保证生态功能正常持续发挥。

以上两个定义表述较为完整。但Elliott等（2007）提出的定义，简明且比较切合实际。他们认为生态恢复不是指将生态系统完全恢复到其原始的状态，而是指通过恢复使生态系统的功能不断得到恢复与完善。

按Elliott所提出的生态恢复概念，凡是有利于污染环境的生物治理、退化生态系统的组织结构和功能得以恢复和改善的研究和实践，不论其所用的技术和方法、时空尺度大小，包括生物修复，均可归于生态恢复范畴。目前，我国的生态环境，既有污染问题，也有生态破坏问题，而且大多交互在一起。有关海洋环境的生物治理和退化生态系统的恢复，大多统称为生态恢复。对此，本书所采用的生态恢复一词，包括生物修复和生态恢复。