生物修复的技术在不断发展，其概念和内涵也在不断变化。

黄铭洪等（2003）认为，生物修复的定义基本上可归结为广义和狭义的两大类。狭义的定义，指通过微生物的作用清除土壤和水体中的污染物，或是使污染物无害化的过程，它包括自然的和人为控制条件下的污染物降解或无害化过程（Scragg, 1999）。广义的定义，指一切以利用生物为主体的污染治理技术，它包括利用植物、动物和微生物吸收、降解、转化土壤和水体中的污染物，使污染物的浓度降低到可接受的水平，或将有毒有害的污染物转化为无害的物质，也包括将污染物稳定化，以减少其向周边扩散（Terry等，2001）。

生物修复，按所利用的生物种类，可分为微生物修复、植物修复、动物修复；按被修复的污染环境，可分为土壤生物修复、水体生物修复、大气生物修复；按修复的实施方法，可分为原位生物修复、易位生物修复；按是否人工干预，可分为自然生物修复和人工生物修复。另外，在生物资源学中，也常把通过人工调控，使某种经济生物的种群数量恢复的措施称为生物修复。