在古斯塔夫·瓦萨（Gustavus Vasa）——现代瑞典的建立者——和古斯塔夫·阿道夫（Gustavus Adolphus）——新教的救星——之间，瑞典的历史笼罩在各宗教教派争夺政权的云雾之中。当贵族寡头政治的执政者陷丹麦和波兰于封建、衰弱之时，瓦萨已将瑞典由丹麦的压迫之下解救出来，而且将他的国家统一在一位强有力的世袭君主之下。瑞典的农民是自由的，而且和贵族、僧侣、城市居民共同推派代表参加国会（Riksdag or Diet），同样的一个字“邦迪”（bonde）在丹麦指的是农奴，而在瑞典则是一位耕种自己土地的自由人的光荣称呼。但是，土地资源却受到气候、人手不足以及桑德海中3个半岛地区为丹麦所控制等因素的严格限制。贵族们由于新近屈服于国王而余怒未息，天主教会则因为在瑞典的财产被剥夺，也都处心积虑地想再夺回人民、财产以及瑞典的王位。

瓦萨的儿子埃里克十四（Eric XIV，15601568年在位）很不适宜地面临了这些问题。他有勇气和才能，但是他暴躁的脾气，导致了外交上的失败，而且引他走上谋杀和疯狂。他处死了5名贵族领袖——其中一名且为他亲手所刃——因而激怒了贵族。他继续对抗丹麦的“北方七年之战”（Northern Seven Years’War，15631570年），而且由于攻取利沃尼亚（Livonia）而为未来预伏战祸。由于阻止可能使他弟弟约翰成为波兰王位继承者的婚姻，而使他们兄弟之间感情疏远，而当约翰不计一切和凯瑟琳·雅盖洛（Catharine Jagellon）公主结婚时，埃里克即将他囚禁于格里肖姆（Gripsholm）堡之中。凯瑟琳赶来和约翰共度艰难的铁窗生活，因而说服他接受天主教的信仰，1568年，埃里克的兄弟们强迫他逊位，经过6年的囚禁之后，他在国会和新王的命令之下被处死刑。

约翰三世（John III，15681592年在位）一方面和丹麦以及国内的贵族们议和，一方面又重新挑起信仰上的冲突。他的妻子依仗自己的魅力苦苦哀求他接受天主教的信仰。在他的默许之下，耶稣会的教士们神不知鬼不觉地混入了瑞典，而其中最能干的安东尼奥·波塞维诺（Antonio Possevino）则负责说服国王皈依。约翰因过去曾同意处死他的哥哥，每遭受良心的谴责，思忖此项弑兄之罪，恐终难逃地狱的火刑。对于这一点，波塞维诺力谏只有因忏悔而得到耶稣教会的赦免才能逃过。约翰顺从了，他依照罗马的仪式接受圣餐，并且同意只要教皇允许瑞典的教士结婚，弥撒时可以使用方言以及圣餐时除面包以外可使用酒等条件，他愿意使天主教成为瑞典的国教。波塞维诺衔命前往罗马，但教皇拒绝了这些条件，波塞维诺只有空手而回。约翰命令耶稣会的教士们以两种方式接受圣餐，并且用瑞典语做弥撒。教士们拒绝受命而纷纷离去。1584年，天主教徒凯瑟琳去世，一年以后，约翰和一位信新教的女士结婚，她也因为善用枕边细语把约翰又带回路德教派的信仰。

1587年8月，他信仰天主教的儿子被选为波兰国王，成为西格蒙德三世（Sigismund Ⅲ）。依据卡耳马法规，约翰死后，西格蒙德将同时统治波兰和瑞典，但西格蒙德誓言尊重瑞典的政治独立和新教信仰。约翰去世时（1592年），瑞典的国会在他弟弟查理公爵（Duke Charles）领导之下在乌普沙拉（Uppsala）召开（1593年2月25日），出席会议的有300位教士和300位教外人士——包括贵族、城市居民、矿工和农民——决定采用1530年的路德派“奥格斯堡声明”（the Lutheran Augsburg Confession of 1530）作为瑞典教会和国家的官定信条。这一次历史性的宗教会议（通称Uppsala-mãte）宣布除路德教派之外，其余宗教一律不容许存在于瑞典境内，唯有正统的路德派教徒可被指定担任宗教或政治上的职务，又声称只有在西格蒙德接受这些原则后，他才可以在瑞典加冕。同时又承认查理公爵在国王虚位时担任摄政。

由耶稣会教士教育的西格蒙德梦想将瑞典和俄罗斯一起带进天主教会。当他于1593年9月在斯德哥尔摩上岸时，他发现瑞典的领袖们几乎众口一声地要求他郑重地保证服从乌普沙拉宣言。他花了5个月的时间寻求妥协，但领袖们的态度坚决，而查理公爵则召集了一支军队，最后，西格蒙德依照他们的要求提出保证，一位路德派的主教就在乌普沙拉为他加冕（1594年2月）。这件事之后不久，他发表了一篇声明，抗议他的保证是在胁迫之下提出的。他指派6位州长保护瑞典境内残余的天主教徒，而他则于8月返回波兰。

查理公爵和乌普沙拉地方大主教安杰曼尼斯（Angermannus）准备强制实行上次宗教会议的决议。苏德·科平（Süder Kãping）会议（1595年）要求终止一切天主教的仪式，同时禁止“一切反福音宗教的教派”。主教下令，无论任何人如参加路德教的礼拜仪式，将被鞭笞，而且当他巡视教堂时，他亲自执行这种处罚。所有残存的修道院全被封闭，所有天主教的圣坛也被拆除。

西格蒙德的谋臣们要求他率领大军进攻瑞典。他认为5000人足够应付，就带领5000人在1598年登陆瑞典。查理公爵在斯蒂奇堡（Stegeborg）地方应战，结果遭遇失败；第二次在斯坦格布罗（Stãngebro）地方的战斗查理获胜，西格蒙德再次同意尊重乌普沙拉宣言而返回波兰。1599年7月，瑞典国会废除了他的王位，当时仍旧担任摄政的查理公爵成为瑞典的实际统治者。1604年的瑞典国会通过了一条继承法案，明文规定瑞典的王位将由瓦萨家族中信仰已定为国教的路德教派的男女成员继承，同时规定一切反对上述宗教者均不得在瑞典居住或置产。“任何君王如背弃奥格斯堡宣言，将依其事实丧失王位。”因此导致查理之子古斯塔夫·阿道夫的继位，也因此导致他孙女克里斯蒂娜（Christina）的逊位。1607年查理九世加冕为王。

他改革了紊乱的政府，大力促进教育、贸易和工业，又建立了卡尔斯塔德（Karlstad）、菲利普斯塔德（Filipstad）、玛丽斯塔德（Mariestad）和哥德堡（Gãteborg）等城市。哥德堡的建立给予瑞典一条进入北海的平坦大道，远胜过丹麦控制的那些海峡。1611年4月，丹麦国王克里斯蒂安四世对瑞典宣战并且进攻瑞典。当时61岁的查理要求克里斯蒂安做个人决斗，为克里斯蒂安所拒。正当双方战斗达到高潮时（1611年10月）查理去世，但是在他死前曾手抚他儿子的头说：“他将完成我的未遂之志。”的确，他做到了。