迭戈·雷恩斯（Diego Laynez，1565年）逝世之后，耶稣会选择弗朗西斯科·布乔亚（Francisco Borgia）为总会长，他的性格与事业是当代最热心的。他家庭富有，是教皇亚历山大六世（Alexander Ⅵ）的孙儿，后来成为甘迪亚公爵、加泰罗尼亚（Catalonia）总督、诸王的朋友。他在1546年加入新教团，把个人财产全部捐出，以一生苦修虔诚被谥封为圣徒。埃韦拉德·墨古利安（Everard Mercurian）继他成为总会长，在历史上未留下事迹，但卡兰迪奥·阿夸维瓦（Clandio Aquaviva）以智慧与圆滑引导此会度过了艰苦的34年（15811615年），因此很多耶稣会修士都把他列为自罗耀拉（Loyola）以来所有会长中最崇高的一位。当他接掌该会时，大约有5000名耶稣会士，他死时已达1.3万名。

在他指导下，一个耶稣会学者组成的委员会拟定成立（15841599年）“设计研究会”，这个组织继续到1836年以决定耶稣会大学中研究的程序与方法。（这些学校）招收11岁到14岁的男孩，6年的课程中3年学希腊文、拉丁文和文学，其余3年学习最广义的哲学，包括自然科学、理则学、形而上学和伦理学。舆论认为这些科目都教得非常好。哲学是繁琐学派的，但是目前还没有为人所接受的代替品。生物和现代俗世史，正如当时所有的学校一样，颇被忽略，也许因为动物为求生存而竞争的惨状，和人间几乎不间断的战争史实都违反纯洁的信仰。整体说来，“设计研究会”是中世纪和文艺复兴之间很有技巧的妥协。令人惊讶的是，耶稣会士欢迎戏剧的再生。他们翻译、写作并排演剧本，且发觉对学生而言，戏剧是训练演讲与口才的好方法，在舞台安排与布景方面他们走在时代前端。他们用辩论来训练机智和推理能力，但是他们不鼓励老师和学生思想的独创。他们的目的显然是产生一个受过教育却保守的优秀分子，可以在智慧和行动上领导，但是不被教条中的疑点困扰，且坚信天主教教规。几乎在所有例子中，耶稣会学校都是由世俗的权威人士、教会领袖或有钱的个人所建立或供养，但是耶稣会却有完全的控制权。虽然有几个大学是特别为贵族子弟建立的，大部分（几乎全部）免费对任何有资格的学生开放，无论其贫富。教师们通常都是教团会员，训练比新教的教师优良。他们是奉献的，不收报酬的，他们的教士服与苦修使他们具有宗教权威，不必运用恐惧及肉体的惩罚，而能维持其纪律。很多新教徒把子弟送往耶稣会大学，希望他们不仅在古典学科方面得到良好的教育，也在道德、礼仪和性格上得到高超的训练。“至于教学法方面，”弗朗西斯·培根写道，“最便捷的规则就是‘请教耶稣会学校’，因为从来没有其他更好的方法。”1615年耶稣会有372所学院，1700年增至769所学院以及24所大学，遍及全世界。在天主教的国家中，中学教育几乎完全落入他们手中，使他们在形成国家心智方面具有很大的影响力。

在天平的另一端，他们也对国王们进言。阿夸维瓦禁止他们担任皇家的听告解的神父，也不鼓励他们参与政治。然而，就在阿夸维瓦活着的时候，皮埃里·科顿（Pierre Coton）神父曾接受亨利四世的邀请，成为他的宗教导师。后来耶稣会还同意了他们最杰出的学生伏尔泰的看法，认为塑造一个国家最好的办法就是塑造该国的国王。到了1700年他们已担任了好几百位显贵的告解神父。女人尤其有感于他们良好的仪态以及他们对世界容忍的态度。由于担任重要女人的告解神父，这些聪明的神父便成为重要的人物。

他们坦白宣称他们想与人类打成一片，而不想在修道院中孤立自己，于是他们使道德观念适应俗人根深蒂固的风尚。根据他们的判断，严格的基督教伦理只有隐士和圣人可能实践，人性的本质要求对于完美的规则有缓和的余地。这种伦理教条的调整已有先例，亚里士多德对柏拉图的完美主义进行修正，犹太法学家也曾使古老的希伯来法律适应都市生活的新情境。虽然在他们自己的教规中——通常在他们的实际生活中也如此——耶稣会轻视肉体，但他们了解肉体，所以给予肉体道德上的余地，以免罪人被迫反叛而不再效忠教会。为了减轻基督教规与人类本性之间的紧张，耶稣会和其他神学家发展出是非论——道德规条应用于各种特殊情况的理论。但是，让我们留下这个微妙的科学吧，以后我们会谈到它最大的敌人布莱斯·帕斯卡（BlaiséPascal）。

大体说来，耶稣会在神学上倾向于自由观点。某些人如莱斯神父和卢万的哈姆（Hamel）神父（1585年）等，认为不必尽信《圣经》中的每一个字及每一规条都是上帝启示的结果。几乎所有耶稣会修士都强调繁琐哲学的信条，认为俗世政府的权力是由人民得来的。而不少人如朱安·马里安纳（Juan de Mariana）和布生鲍姆（Busenbaum）等则布道说，人民有权通过合法的代表，罢黜甚至杀死一个“坏”国王，但是这种情形下所谓的“坏”是指异端而言。对民主的强调，可能源于耶稣会修士的欲望，对罗马表示“教皇绝对权力主义者”的效忠，要提高教皇统一、神圣的至高权威。与马丁·路德相反，耶稣会修士提倡努力工作的目的在于获得解脱，反对强调原罪，而且他们以重新肯定自由意志来补偿圣保罗、圣奥古斯丁、路德、约翰·加尔文和詹森·科妮利斯（Jansen Cornelis）等人的黑暗宿命论。一位葡萄牙的耶稣会修士卢斯·莫里那（Luis Molina）曾掀起一阵神学狂热，因他力言人类经由自己的意志及努力可以决定他永恒的命运，而人的自由选择可以与神意并行，甚至克服神意。圣多米尼克修会神学家谴责他为异端，耶稣会起而为他辩护。论战愈演愈烈，克莱门特八世下令双方保持冷静（1596年）。

耶稣会较合人情的伦理观，加上他们的基本概念，他们保守的组织及遍布各地的力量，使世俗的天主教教士不欢迎他们，新教派更恨他们。博罗梅奥·圣查理教士控诉他们对于有权势的罪人过分宽大。沙比说，如果圣彼得曾受到某位耶稣会告解神父的指导，他可能屏弃基督而仍没有罪。继阿夸维瓦担任耶稣会总会长的马迪奥·维特里斯基（Mutio Vitelleschi）警告他的教团说，该团急于积聚财富已引起广泛的指责。英国的新教牧师，他们承认君主以神权统治国家，而震惊于耶稣会所主张的人民主权及在特殊时机可弑君之观念。罗伯特·菲尔默（Robert Filmer）指斥枢机主教贝拉尔米内的意见，“世俗的权力……在于人民，除非他们把它赋予某一位君主”。德国新教派攻击耶稣会是“地狱吐出来的魔鬼产物”，有些人要求把他们当做女巫钉在火刑柱上烧死。1612年波兰出现《秘密检查》（Monita Secreta）一书，其主旨在于秘密指导耶稣会赢得财产和政治权力。这本书到1700年已印行22版。几乎现在仍有人相信那本书，但现在一般把它归类于聪明的讽刺或无耻的伪造文件。