（一）房间隔

房间隔（interatrial septum）较簿，位于左、右心房之间，其位置与人体正中矢状面约呈45°角，因此左心房位于右心房的左后方。房间隔的两侧为心内膜，中间夹有结缔组织及房肌纤维，其厚度为3．0～4．0mm；卵圆窝处最簿，中央部厚度约1．0mm，主要由结缔组织构成。房间隔是不同类型房间隔缺损的好发部位。

（二）室间隔

室间隔（interventricular septum）较厚，位于左、右心室之间，亦呈45°斜位。室间隔有前、后缘，分别相当于前、后室间沟。室间隔大部分由心肌构成，称为室间隔肌部，其两侧面有心内膜覆盖，左侧心内膜深面有左束支及其分支。室间隔肌部可分为窦部、小梁部及漏斗部三部分。室间隔上缘中部有一较小的多边形或卵圆形区域，称为室间隔膜部。膜部是由胚胎时期的室间孔闭合而形成，非常簿，仅是一个致密的结缔组织膜。膜部是室间隔缺损的好发部位。