东盟在成立之初只是为了方便东南亚各国进行经济交流，但现在这种合作也延伸到了政治、军事等层面。尤其是各成员国之间进行的军事合作，已经成为东南亚各国维护区域安全的最重要的途径之一。

在东盟刚成立时，虽然打着进行经济交流的旗号，但是各国已经开始考虑军事合作的事宜了。由于正处于冷战时期，意识形态不一致的东南亚各国关系并不和谐，所以东盟的成员国开始结盟并合作。当时，东南亚地区波折不断，英美军队来了又走，苏联和越南结成同盟，日本还在一旁虎视眈眈，越南更是和柬埔寨闹起了不和，即便没被战争波及的国家也忧心忡忡。于是，各国开始了双边合作，以建立小型联盟守望相助，比如印尼分别和新加坡、马来西亚在某方面合作，而其他国家也是如此。联盟国家不仅共同进行军事操练，还举办联合军演，共同视察海域，甚至连设施都共享。

虽然冷战结束，国际关系回暖，但是东盟各国之间的合作却没有停止。不仅如此，新加入的越南、柬埔寨等国也领会了合作的精神，想与老成员国迅速建立军事联盟。不仅双边合作的范围变广，而且随着军事实力的增强，合作深度也在不断增加。曾经的演习只囊括各国海军，后来就加入了陆军和空军的部分，还开始研究如何进行更复杂的协作和训练。

近些年，东盟国家一直致力于让东南亚变得更加团结、一体，所以也有意识地在军事上加深合作。想获得别人的信任，自己先要坦诚，所以各国纷纷将军事机密透露给同盟国，以表明合作的诚意。不仅如此，近些年海盗、恐怖组织等对国家的威胁越发严重，这也促成了各国加大军事合作。通过加强防恐合作，各国不仅锻炼了军事力量，也在实践中让合作变得更顺理成章。比如从1992年到现在，马来西亚、印尼和新加坡三方就马六甲海盗的问题结成了同盟，三方不仅情报共享，而且时常共同巡逻，一发现海盗就一起打击。在军事活动中，三方建立了军事上的密切联系和友谊。