在世界大环境趋于和平的今天，东南亚地区也不可能爆发大规模的冲突和战争，目前各国正将全部精力放在发展上，保持区域和平成为东南亚各国的共识。但是，东南亚依旧存在着一些大大小小的安全隐患，而产生这种情况的原因是非常复杂的。

首先，冷战的影响让东南亚意识形态不同的国家产生了芥蒂。冷战虽然结束了，但是还有不少国家习惯以当时的思维方式看待国际问题，即资本主义国家站在同一阵线上，只要是社会主义国家就是自己的敌人，而社会主义国家也同样如此。意识形态不同的国家不能做朋友，这种想法显然只适用于冷战时期，现在早就不存在了。可是，西方世界尤其是对东南亚军事影响很深的美国，还是经常受到冷战思维的影响，所以东南亚各国也会划分阵营结成同盟，这种无形中的对立就让东南亚各国很难团结在一起，甚至还会产生内部矛盾。

同时，霸权主义对东南亚的威胁也非常严重，在强权的逼迫下，东南亚各国很难完全按照自己的心意行事，更不要提进行军事上的通力合作了。比如美国就一直坚持单边主义，通过在东南亚拉拢一部分国家来打击另一部分国家。这样的政策很容易破坏东南亚各国自身的合作，让它们自愿或被迫站在敌对的阵营中。长此以往，对东南亚的安全和发展是十分不利的。

最后，各国之间不能付出足够的信任，也让合作难以达成。东南亚各国之间的关系十分复杂，有的因受到不同殖民国统治，在制度、文化上有很大差异，虽是邻居，但是摩擦不断；有的在历史上就战争不断，你方打完我还击，最后双方矛盾加深。所以，想让东南亚各国消除误会、减少摩擦，立刻变成互相将后背交给对方的好兄弟，实在有点强人所难。