估计育种值是选择种用畜禽的主要依据，育种值估计的精确与否影响着畜禽育种效果的好坏
育种值估计方法在不断改进和发展，主要包括：
ð 选择指数法（selection index，I）
ð 最佳线性无偏预测法（best linear unbiased prediction，BLUP）
ð 标记辅助BLUP法（marker-assistedBLUP, MBLUP）等
ð 选择指数法
Ó 1931年由Lush和Wright从植物育种中引入选择指数理论，并由Hazel于1943年应用到动物育种中
Ó 育种值估计的初级阶段
Ó 目前国内一些小型农场还在使用
选择指数法在应用中受到许多因素制约：
Î 表型观测值来自同一总体：待估种畜及信息来源个体必须处于同一环境
Î 有事先估计好的遗传参数
Î 使用矫正过的观测值：剔除系统环境效应
选择指数法可为育种值提供最佳线性预测（BLP）
BLUP法
Ó1949年，Henderson提出处理不均衡资料的混合模型方程组（mixed modelequation）方法
Ó1966年将该法应用于动物育种值估计中，形成了BLUP方法
ÓBLUP法将选择指数法和最小二乘估计方法有机结合起来
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ÓBLUP法在同一个混合模型方程组中，既估计出固定的环境效应和遗传效应，又预测出随机的遗传效应（育种值）
ÓBLUP法获得的个体育种值具有最佳线性无偏性：具有估计值方差最小、估计值无偏、可消除因选择和淘汰等原因造成的偏差等特性，精确性较高
ÓBLUP法是目前世界上主要的育种值估计方法
BLUP法在应用中受到的制约因素：
Ó 收集表型信息花时较长，遗传评定结果滞后于育种需求
Ó 表型信息易受环境影响，遗传评定的准确性有限
MBLUP法
v 二十世纪九十年代以来，随着分子生物学技术的快速发展，涌现了大量分子遗传标记
v 将分子遗传标记提供的信息引入到BLUP方法中，形成标记辅助BLUP（MBLUP）方法
v MBLUP法将表型信息和分子遗传标记信息有机结合起来，从分子水平对产生个体间表型差异的原因进行精细剖分
Ñ分子遗传标记优点：多态性丰富、检测效率高，且不受年龄、性别限制等
ÑMBLUP法改善和提高了畜禽遗传评定的效率和准确性
Ñ尤其是对限性性状、低遗传力性状及难以度量性状的遗传评定上具有较大优势
