从系统方法论来说，系统动力学的方法是结构方法、功能方法和历史方法的统一。系统动力学研究复杂系统问题的方法是定性与定量结合、系统综合推理的方法。按照系统动力学的理论与方法建立的模型，借助计算机模拟可以用于定性与定量地研究系统问题。系统动力学的模型模拟是一种结构功能的模拟。它最适用于研究复杂系统的结构、功能与行为之间动态的辩证对立与统一的关系。系统动力学认为，系统的行为模式与特性主要地取决于其内部的动态结构与反馈机制。

 由于非线性因素的作用，高阶次复杂时变系统往往表现出反直观的、千姿百态的动力学特性，已引起人们的重视。系统动力学正是这样一门可用于分析研究社会、经济、生态和生物等一类复杂大系统问题的学科。系统动力学模型可作为实际系统，特别是社会、经济、生态复杂大系统的“实验室”。系统动力学的建模过程就是一个学习、调查研究的过程，模型的主要功用在于向人们提供一个进行学习与决策分析的工具，并使决策群体或整个组织逐步成为一种学习型的创造型的组织。