以地球陆地表层空间系统为研究对象，以人地关系地域系统为研究核心的地理学，虽然在解决困扰人类生存与发展的诸多综合性问题中表现出优于其它诸多学科的重要价值，但是其理论基础或基础理论的薄弱性这一致命的弱点也渐趋凸现。作为地理学整体特别是自然地理学的重要基本观念和重要基础理论或基本原理的“地理环境的整体性”的理性深化，对于地理学的理论建设与学科建设具有重要意义。地理环境的整体性已不仅是作为系统的地理环境的一种特性，而且是地理学的一条基本原理以及施行地理工程和地理建设的一条基本准则。对于地理环境整体性的认识，其重点已不是去证实其本体论意义下的存在，而是去理解其认识论或方法论意义下的思维。对于“理解”，基于若干具体的自组织理论特别是自组织方法的哲学化而得到的自组织方法论，是一种基本的研究视角与方法论工具。仅就此而言，地理环境整体性的理论研究，是一个重要而巨大的基本命题，可以粗略的界定为互补的二个层面：（１）地理环境整体性的“一般”理论研究，它主要应回答地理环境整体性研究的研究思路、研究方法、研究内容和研究意义以及研究历程等问题；（２）地理环境整体性的“具体”理论研究，它主要应回答研究方法的实证化即各种自组织方法或自组织方法论在具体的地理问题的研究中的运用的问题。在“一般”层面上，对地理环境整体性的理论研究可以有二个互补的逻辑法则：（１）主要侧重于“从一般到具体进而到特殊”的研究法则即“演绎”法则；（２）主要侧重于“从特殊到具体进而到一般”的研究法则即“归纳”法则。虽然“归纳”法则在地理学的理论思维与理论构建中居于传统的、主流的地位，但是“演绎”法则在地理学的理论思维与理论构建中的作用是不应忽视的，理应得到承认与重视。本文拟主要遵从“演绎”法则，在“一般”层面上，重点讨论地理环境整体性的认识论与方法论问题，并试图将其原理化。