第二节  细菌的命名

    细菌的命名依据“国际细菌命名法规”（The International Code Of Nomenclature Of Bacteria）的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小写，即使科名是以人名或地名命名的，种名头一个字母也用小写。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。为便于在国内流通，细菌的拉丁文名称一般都译为汉语，中文译名与拉丁名正好相反，将种名在前，属名在后。

    出现在分类学文献中的细菌拉丁文学名，在属名和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、现名定名人和现名定名年份，这些均用正体排字。但在一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和种名之后的部分均予省略。例如大肠埃希菌的学名全名是：Escherichiacoli（Migula） Castellaniet Chalmers 1919，指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillus coli，Castellani及Chalmers于1919年改为现名。

    拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念，但由于英语的影响较大，不少人是按英语的读法来读细菌拉丁文名，在国际学术交流中常常遭遇。

    属名重复出现时，拉丁文可缩写，用第一个字母，为避免混肴，也可用2个字母。只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在属名之后加sp.（正体）；如果同属未定种名的若干菌株，则用spp.取代sp，spp.为species复数的简写。

    如果是新种，在新种的拉丁文学名之后还要加上“sp. nov.”，nov是novel的缩写，新的意思。例如Lawsonia intracellularis gen.nov，sp.nov，译为：胞内劳森菌，新属新种。亚种用subsp.（正体）表示，这是subspecies的缩写，例如Pasteurella multocida subsp.septica，中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种。过去还用var.（variety）表示变种，现已废止，用亚种取代。

第三节 细菌的分类体系

    目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册”（Bergey’s  Manual Of  Systematic  Bacteriology），由美国细菌学家Holt主编，共4卷，第1卷于1984年出版，记载了医学及工业有重要性的革兰氏阴性细菌。第2卷1986年出版，记载了医学与工业有重要性的革兰氏阳性细菌。第3、4卷1989年出版，前者收载了古细菌和蓝细菌，后者描述了放线菌。该书的姐妹篇是“伯吉氏细菌鉴定手册”（Bergey’s Manual of  Determinative Bacteriology），简要地描述了各个属的性状及属内各种的简明比较。自1923年出版第一版以来，不断充实修改再版，1994年面世第九版。

     国际系统与进行微生物学杂志（Intemational Journal Of Systematic and Evolutionary Microbiology，IJSEM）原名国际系统细菌学杂志（International Journal Of Systematic Bacteriology，USB）是细菌分类命名的世界公认的权威期刊，英文，由国际微生物学会联合会（International Union Of Microbiolgical Societies）于1901年创刊出版。任何分离鉴定的新细菌的有关论文应在该杂志发表，如果在其他杂志发表，必须提交论文副本给该杂志公布，两年后无异议，所提出的新细菌名称方才生效。

     与动物、植物不同，微生物的新种鉴定必须依据活的典型菌株（living type strain），而不能依据死的标本，模式菌株通常冷冻或冻干保存，并送交有关机构保藏。国际公认的菌种包藏权威机构是美国典型培养物保藏中心（ATTCC）以及德国微生物及细胞保藏中心（DSM）等。我国的菌种保存机构在逐步发展和完善之中。

第四节  细菌的鉴定

    一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室或作研究之用，目前通用的常规细菌鉴定手段仍是采用检测表型特征的方法，配有成套检测指标的快速诊断试剂盒正在推广，已逐步取代自行选择若干检测项目的做法。商品化的细菌鉴定试剂盒有Enterotube系统、API系统、Vitek系统等。

    除按表型特征、DNA同源性或rRNA序列比较等方法鉴定细菌外，还有用其他方法，例如测定细菌的脂肪酸组成，用气相-液相-质谱分析细菌的脂肪酸谱，每一种细菌的脂肪酸谱是恒定的，可重复性好，因此此法可用于细菌的鉴定或分类，往往结合常规方法参照应用。在有条件的单位可用PCR技术检测鉴定细菌。