细菌作为自然界中的生物广泛存在，而且不断进化和发展，种类繁多，性质各异。人类出于认识自然的需要，对包括细菌在内的各种生物进行了分类和命名，并已形成了既定的体系和公认的准则，虽然兽医微生物学工作者的研究热点主要是细菌的病原特性，但对细菌的分类也必须有所了解。

第一节  细菌的分类地位

    细菌过去归属植物界，自1974年以来，其分类地位得以调整，划为原核生物（Procaryote），反映了人类对生物界认识的深化。

    在原核生物中，细菌（Bactena，又称真细菌Eubacteria）和古细菌（Archaea）是性质有别的两大类。古细菌是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极端耐盐、高度嗜热，其细胞壁组成与细菌不同。这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期产物，因此称之为古细菌。在兽医微生物学中，古细菌不占重要位置，但应了解它的概念及与细菌的关系。

细菌作为另一个系统进化类别的原核生物，它包括对动物和人具有致病作用的衣原体、立克次体、霉形体、螺旋体、放线菌等，此外还涉及蓝细菌、紫色光合细菌等。

    细菌的分类单元与动植物一样，也有纲、目、科、属、种，但是最重要、最基本的单元是种，其次是属。科及科以上的划分在细菌学不太完善，而且随着研究的深入，科、属的划分会发生变动。例如里氏杆菌（Riemella）原属巴氏杆菌属，现已独立建属；弯曲菌（Campylobacter）原属弧菌科，现划出原来的科。    

    属（genus，复数genera）  是具有共性的若干种的组合，应与其他属有明显的差异。不同属之间的16SrRNA序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。

    种（species）  是微生物学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它与其他菌株群体有明显差异。种的概念比较抽象，根据表型特征，并不容易界定。专家建议，根据16S核糖体RNA序列的异同，可作为定种的依据，凡是16SrRNA序列同源性大于97％的两株细菌，即可确定为同一种。尽管这一观点还未得到普遍采纳，但用简明、客观的标准对细菌定种，无疑是一个发展趋势。

    菌株（strain）  是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。菌株的名称没有一定的规定，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。某些具有特殊性状的菌株用于细菌基因工程等研究的需要，这些菌株的名称已为同行熟知。