生物化学(2024秋)

沈阳师范大学 李玥莹

目录

  • 1 绪论
    • 1.1 绪论
  • 2 糖类化学
    • 2.1 糖的概念、分类及生物学作用
    • 2.2 单糖
    • 2.3 二糖和多糖
  • 3 脂类化学
    • 3.1 生物体内的脂类
    • 3.2 脂肪
  • 4 蛋白质化学
    • 4.1 蛋白质的分子组成(一)
    • 4.2 蛋白质的分子组成(二)
    • 4.3 蛋白质的分子组成(三)
    • 4.4 蛋白质的分子结构
    • 4.5 蛋白质结构与功能的关系
    • 4.6 蛋白质的理化性质与分离纯化(一)
    • 4.7 蛋白质的理化性质与分离纯化(二)
  • 5 核酸化学
    • 5.1 核酸的化学组成
    • 5.2 DNA的一级结构
    • 5.3 DNA的空间结构
    • 5.4 RNA的结构
    • 5.5 核酸的性质
  • 6 酶化学
    • 6.1 酶学概论
    • 6.2 酶的活性中心及其作用机理
    • 6.3 酶促反应动力学(一)
    • 6.4 酶促反应动力学(二)
    • 6.5 酶活性的调节控制
  • 7 维生素化学
    • 7.1 维生素总论及脂溶性维生素
    • 7.2 水溶性维生素
  • 8 糖代谢
    • 8.1 无氧氧化途径
    • 8.2 三羧酸循环
    • 8.3 糖的合成代谢
    • 8.4 糖原的合成与分解
    • 8.5 糖异生途径
    • 8.6 血糖及血糖含量调节
  • 9 脂质代谢
    • 9.1 脂类的消化、吸收和运转
    • 9.2 甘油三酯和脂肪酸的分解代谢
    • 9.3 酮体的代谢
    • 9.4 脂肪酸及甘油三脂的合成代谢
  • 10 蛋白质降解和氨基酸代谢
    • 10.1 蛋白质消化、降解及氮平衡
    • 10.2 氨基酸分解代谢
    • 10.3 氨的代谢
    • 10.4 氨基酸碳架的去路
  • 11 核酸降解和核苷酸代谢
    • 11.1 嘌呤核苷酸的代谢(一)
    • 11.2 嘌呤核苷酸的代谢(二)
  • 12 生物氧化
    • 12.1 生物氧化、氧化电子传递链和氧化磷酸化作用
    • 12.2 氧化磷酸化的偶联机理
  • 13 物质代谢的相互联系与调节控制
    • 13.1 物质代谢之间的相互联系
    • 13.2 代谢的调节控制
  • 14 DNA的生物合成
    • 14.1 DNA的复制的特点
    • 14.2 DNA的复制的酶学基础
    • 14.3 DNA复制过程
    • 14.4 RNA指导的DNA合成(逆转录)
    • 14.5 DNA的损伤及修复
  • 15 RNA的生物合成
    • 15.1 DNA指导的RNA合成(转录)
    • 15.2 RNA生物合成的抑制剂
  • 16 蛋白质的生物合成
    • 16.1 参与蛋白质生物合成的物质
    • 16.2 蛋白质生物合成过程
    • 16.3 蛋白质合成后的加工、修饰及分泌
  • 17 试题资源
    • 17.1 试题资源
DNA复制过程
  • 1 内容
  • 2 测验14.3

       一、教学目标                 

        1.掌握DNA的复制过程以及参与DNA复制的一些酶和蛋白质;

        2.真核生物与原核生物DNA复制的主要差异;

        3.逆转录的过程及其生物学意义。

二、教学重点 

         1. DNA合成的两条途径;

         2. DNA的损伤和修复。

        三、教学难点

比较分析DNA复制与逆转录的异同

DNA复制过程(E.coli.)

1、复制的起始

引发:当DNA的双螺旋解开后,合成RNA引物的过程。

引发体:引物合成酶与各种蛋白质因子(dnaB、dnaC、n、n'n''I)构成的复合体,负责RNA引物的合成。

引发体沿着模板链5’→3’方向移动(与冈崎片段合成的方向正好相反,而与复制叉移动的方向相同),移到一定位置上即可引发RNA引物的合成。

E.coli.DNA复制原点ori C,由245bp组成,三组13bp重复序列(近5端处),四组9 bp重复序列(另一端处)。

大肠杆菌复制原点起始复制所需蛋白质:

DNaA在原点处打开双螺旋
DNaB使DNA解旋
DNaCDNaB结合在原点所需
Hu 刺激起始
引物酶(DNaG) 合成RNA引物
SSB      结合单链DNA
RNA聚合酶 促进DNaA活性
旋转酶  松驰DNA扭曲应力

20个DnaA结合在四组9bp重复区,形成起始复合物,DNA环绕此复合物。

三组13bp重复区依次变性,产生开放型复合物。

DnaB(在DnaC协助下)与开放复合物结合,进一步解链。

2、DNA链的延长反应

前导链只需要一个RNA引物,后随链的每一个冈崎片段都需要一个RNA引物,链的延长反应由DNA pol.Ⅲ催化。

复制体:在DNA合成的生长点(既复制叉上)分布着许多与复制有关的酶和辅助因子,它们在DNA的模板链形成离散的复合物,彼此配合进行高度精确的复制,称为复制体。

复制体沿着复制叉方向前进就合成DNA。

3、RNA引物的切除及缺口补齐

DNA polⅠ的5 → 3外切活力,切除RNA引物。

DNApolⅠ的5 → 3合成活性补齐缺口。

4、DNA切口的连接

DNA ligase,动物、真核由ATP供能,原核由NAD供能。

5、DNA合成的终止

环状DNA、线性DNA,复制叉相遇即终止。

小结:

⑴ DNA解螺旋酶解开双链DNA。

⑵ SSB结合于DNA单链。

⑶ DNA旋转酶引入负超螺旋,消除复制叉前进时带来的扭曲张力。

⑷ DNA引物酶(在引发体中)合成RNA引物。

⑸ DNA pol.Ⅲ在两条新生链上合成DNA。

⑹ DNA polⅠ切除RNA引物,并补上DNA。

⑺ DNA ligase连接一个冈崎片段。

DNA复制过程中,聚合酶对dTTP和dUTP的分辨能力高,有少量dUTP掺入DNA链中,此时,U-糖苷酶、AP内切酶、DNA polⅠ、DNA ligase共同作用,切除尿嘧啶,接上正确的碱基。

六、DNA复制的真实性

生物体DNA复制具有高度真实性,复制107-1011碱基对,只有一个错误碱基。

碱基对的自由能通常在4-13KJ/mol,这样的自由能相当于平均参入100个核苷酸就可能出现一次错配,仅靠Watson-Crick双螺旋的碱基配对原则,突变率将高达10-2 。

1、DNA聚合酶对碱基的选择作用

酶的被动论:不同的核苷酸在聚合位点停留时间不同,正确的dNTP能长时间停留,而参与聚合。DNA聚合酶能依照模板的核苷酸,选择正确的dNTP掺入引物末端。

酶积极参与理论:DNA聚合酶对正确与错误的核苷酸,不仅亲和性不同,而且将它们插入DNA引物端的速度也不同。

动力学校正阅读:在新的磷酸二酯键未形成时,dNTP结合在酶与模板—引物复合物的聚合位点上,DNA聚合酶能识别正确与错误的dNTP。

DNA聚合酶对底物的识别作用,DNA聚合酶有两种底物,一种是DNA模板—引物,另一种是dNTP。

DNA聚合酶先识别DNA模板和引物的3未端,再识别底物dNTP,是一种有序的识别过程。

2、3→5外切活性的校正阅读

E. coli. DNA pol.Ⅰ和pol.Ⅲ有3→5外切活性,可删除错误插入的核苷酸。

缺失3 →5外切活性的E. coli. DNA pol.Ⅰ,催化DNA合成时,出现错误的几率增高5-50倍。因此,3→5外切活性可以使DNA复制的真实性,提高1-2个数量级。

3、影响DNA合成真实性的因素

 ⑴高浓度NMP(如3-AMP, 5-GMP)

   NMP竞争酶的dNTP结合位点,抑制3→5外切活性。

 ⑵某一种dNTP浓度银高,可使引物3末端离开外切活性中心。

 ⑶dNTP 一般与二价阳离子结合成活化形式,Mg2+为主要的二价阳离子。当用其它二价阳离子(如Mn2+)代替Mg2+时,会改变酶的主体结构,影响聚合活性和3→3外切活性。

4、为什么用RNA引物

⑴从模板复制最初几个核酸时,碱基堆集力和氢键都较弱,易发生错配

⑵新复制的最初几个核苷酸,没有与模板形成稳定双链,DNA聚合酶的5→3校对功能难发挥作用。

扩展阅读