一、伊斯兰教、佛教、道教等宗教的进一步演变

二、外来宗教的传入及伊斯兰教中国化的进一步发展

20 世纪初，在帝国主义列强对中国的殖民侵略进一步加剧的背景下，天主教、基督教 （新教）、东正教也加大了在新疆地区的传播力度，其中较有影响的传教组织包括瑞典传教团、英国内地会等。这些组织除传教外，最主要的任务就是为帝国主义的殖民侵略活动提供情报搜集等服务，最终被当时的新疆省政府所驱逐。

东正教、基督教、民国时期，随着内地回族的大量迁入，新疆地区的伊斯兰教受儒家文化的影响进一步加深。这期间，一批爱国宗教人士十分重视“以儒诠经”，专门开设了国学、国史等必修课程，强调中国伊斯兰教信徒对中国传统文化的认同。面对“泛伊斯兰主义”错误思潮对新疆地区信教群众的毒害，爱国宗教人士公开揭批宗教极端和民族分裂分子的歪理邪说，为祖国统一和民族团结作出了贡献。

民国时期，无论是“泛伊斯兰主义”等错误思潮的冲击，还是受帝国主义列强殖民扩张而进入新疆的天主教、基督教等的影响，都没有改变新疆地区多种宗教并存的格局，也没有改变多种宗教吸收融合、平和包容的关系和中国化的根本方向，交融共存始终是新疆地区宗教关系的主流。