一、清政府对伊斯兰教的管理

政教分离是清政府处理伊斯兰教事务的基本政策。

二、藏传佛教等在新疆地区的并存发展

明末清初，在卫拉特蒙古上层的推动下，藏传佛教格鲁派很快在天山以北兴盛起来，并一度影响到天山以南部分地区。

三、伊斯兰教的中国化

历史地看，宗教同所在社会相适应，是宗教生存发展的趋势和规律。无论本土宗教还是外来宗教，都要不断适应我国社会发展，充实时代内涵。伊斯兰教传人新疆地区以后，已经为博大精深的中华文化所包容所融合，清朝时期已经形成了具有中国特色的伊斯兰文化。

清朝时期、新疆地区仍然保持了以伊斯兰教为主、多种宗教并存的格局，多种教吸收融合、平和包容的关系没有改变。