魏晋南北朝时期，中国南北方地区主要流行的宗教是佛教和道教。随着儒释道三种文化的相互吸收，儒释道汇通成为主流趋势，此时的新疆地区佛教发展进入鼎盛阶段，与原有的祆教、萨满教及新传入的道教和谐并存。各种宗教相互借鉴交融，佛教中国化趋势日渐凸显，以佛教为主多家并存的格局进一步发展，新疆地区与中原地区一样出现了儒释道汇通河流趋势。

（一）佛教、祆教、道教等宗教的传播

（二）以佛教为主的多种宗教并存格局

这一时期新疆地区佛教与中原佛教交流频繁。进入中原传教的僧人络绎不绝，最为著名的僧人有鸠摩罗什、佛图澄。中原西行求经的著名僧人有：朱士行、宋云、法显等人西行记录了沿途见闻促进了中原地区与新疆地区的佛教交流。佛教东传、道教西渐并于祆教融合演变反映了新疆宗教与中原地区宗教互通互鉴，不断走向中国化过程。麴氏高昌时期道教符箓，出土于新疆吐鲁番阿斯塔那古墓