一、蒙古统一新疆地区及行省制度的确立

1.达鲁花赤的设立

2.行尚书省的设置

3.其他军政机构的设立

4.水路驿站的立：加强与内地的联系

5.设立交钞提举司和交钞库

6.设提刑按察司：主理司法诉讼

7.设立哈赞、忽咱、哈拉火州总管库，加强户籍和赋税管理。

二、察合台后裔建立的地方政权

察合台汗国：成吉思汗的次子察合台的封地基础上建立起来的地方政权包括天山南北地区及阿姆河、锡尔河之间的地区，与中央保持臣属关系、每年均通使、朝贡。

    1347年分裂为东西两部。东察合台汗国以阿里麻里为中心统治伊犁、喀什、吐鲁番等地。1570年为叶尔羌汗国所灭，历200余年。

西察合台汗国以撒马尔罕为中心统治河中地区后演变为帖木儿帝国。

叶尔羌汗国：察合台的后裔赛依德在叶尔羌建立的地方政权，统治西部地区，存在了166年历经11代汗王1680年被准噶尔所灭。均臣属于明朝，保持着密切关系。

三、哈密卫的设立

1406年，明朝设立哈密卫，自此哈密正式成为明朝直接管辖下的一个卫所

明朝建立后，明朝政府对西域采取的管理措施主要是：

1.设立哈密卫：先后在嘉峪关和哈密之间建立了6个卫所：安定、阿端、曲先、罕东、赤斤蒙古、沙洲。管理西域事务。1406年明朝在西域设立哈密卫，册封当地少数民族首领为忠顺王。哈密卫的职责是：奉朝廷指令，代表朝廷管理当地事务、把守西部大门、保护东西交往的使节、商旅、僧侣的来往安全。

2.册封各地首领：

    哈密、别失八里、亦力把里、吐鲁番、瓦剌等地方首领并颁发印信。如：册封瓦剌部首领马哈木为顺宁王、哈密首领陕巴为忠顺王、、亦力把里首领法黑儿者罕为都指挥佥qiān事、吐鲁番首领马黑麻为总督等。