药物基因组学(pharmacogenomics)是利用人类基因组学研究方法和技术，以提高药物效应及安全性为目标，研究不同人群(个体)基因组遗传学差异及其对药物反应的影响，以促进新药开发和临床个体化用药的科学。

药物基因组学着重于基因多态性的快速鉴定，以功能基因组学研究策略和成果为基础，用已知的基因组学理论指导临床合理用药和创新药物。

药物基因组学与药物遗传学之间的差异主要在于：药物基因组学所要研究的是决定药物行为和敏感性的整个基因表达谱，而药物遗传学则主要研究药物作用谱中狭窄的药物代谢和反应中遗传差异的作用机制。