生物化学(2023秋)

沈阳师范大学 李玥莹

目录

  • 1 绪论
    • 1.1 绪论
  • 2 糖类化学
    • 2.1 糖的概念、分类及生物学作用
    • 2.2 单糖
    • 2.3 二糖和多糖
  • 3 脂类化学
    • 3.1 生物体内的脂类
    • 3.2 脂肪
  • 4 蛋白质化学
    • 4.1 蛋白质的分子组成(一)
    • 4.2 蛋白质的分子组成(二)
    • 4.3 蛋白质的分子组成(三)
    • 4.4 蛋白质的分子结构
    • 4.5 蛋白质结构与功能的关系
    • 4.6 蛋白质的理化性质与分离纯化(一)
    • 4.7 蛋白质的理化性质与分离纯化(二)
  • 5 核酸化学
    • 5.1 核酸的化学组成
    • 5.2 DNA的一级结构
    • 5.3 DNA的空间结构
    • 5.4 RNA的结构
    • 5.5 核酸的性质
  • 6 酶化学
    • 6.1 酶学概论
    • 6.2 酶的活性中心及其作用机理
    • 6.3 酶促反应动力学(一)
    • 6.4 酶促反应动力学(二)
    • 6.5 酶活性的调节控制
  • 7 维生素化学
    • 7.1 维生素总论及脂溶性维生素
    • 7.2 水溶性维生素
  • 8 糖代谢
    • 8.1 无氧氧化途径
    • 8.2 三羧酸循环
    • 8.3 糖的合成代谢
    • 8.4 糖原的合成与分解
    • 8.5 糖异生途径
    • 8.6 血糖及血糖含量调节
  • 9 脂质代谢
    • 9.1 脂类的消化、吸收和运转
    • 9.2 甘油三酯和脂肪酸的分解代谢
    • 9.3 酮体的代谢
    • 9.4 脂肪酸及甘油三脂的合成代谢
  • 10 蛋白质降解和氨基酸代谢
    • 10.1 蛋白质消化、降解及氮平衡
    • 10.2 氨基酸分解代谢
    • 10.3 氨的代谢
    • 10.4 氨基酸碳架的去路
  • 11 核酸降解和核苷酸代谢
    • 11.1 嘌呤核苷酸的代谢(一)
    • 11.2 嘌呤核苷酸的代谢(二)
  • 12 生物氧化
    • 12.1 生物氧化、氧化电子传递链和氧化磷酸化作用
    • 12.2 氧化磷酸化的偶联机理
  • 13 物质代谢的相互联系与调节控制
    • 13.1 物质代谢之间的相互联系
    • 13.2 代谢的调节控制
  • 14 DNA的生物合成
    • 14.1 DNA的复制的特点
    • 14.2 DNA的复制的酶学基础
    • 14.3 DNA复制过程
    • 14.4 RNA指导的DNA合成(逆转录)
    • 14.5 DNA的损伤及修复
  • 15 RNA的生物合成
    • 15.1 DNA指导的RNA合成(转录)
    • 15.2 RNA生物合成的抑制剂
  • 16 蛋白质的生物合成
    • 16.1 参与蛋白质生物合成的物质
    • 16.2 蛋白质生物合成过程
    • 16.3 蛋白质合成后的加工、修饰及分泌
  • 17 试题资源
    • 17.1 试题资源
DNA的复制的酶学基础
  • 1 内容
  • 2 测验14.2

      一、教学目标                 

        1.掌握DNA的复制过程以及参与DNA复制的一些酶和蛋白质;

        2.真核生物与原核生物DNA复制的主要差异;

        3.逆转录的过程及其生物学意义。

二、教学重点 

         1. DNA合成的两条途径;

         2. DNA的损伤和修复。

        三、教学难点

比较分析DNA复制与逆转录的异同


一、与DNA复制有关的酶及蛋白质因子

目前已发现30多种酶及蛋白质因子参与DNA复制

(一)DNA的聚合反应和聚合酶

DNA生物合成5→3,化学合成3→5

1、DNA聚合反应必备的条件

⑴ DNA聚合酶

⑵ DNA模板(反转录时用RNA模板)

⑶引物  (DNA、RNA或蛋白质)

⑷ 4种dNTP

⑸ Mg2+

2、聚合反应过程及特点

在链的延长过程中,链的游离3-羟基,对进入的脱氧核糖核苷三磷酸α磷原子发生亲核攻击,生成3.5-磷酸二酯键,并脱下焦磷酸。

3DNA聚合酶的反应特点:

⑴ 以4种dNTP为底物

⑵ 反应需要接受模板的指导,不能催化游离的dNTP的聚合。

⑶ 反应需有引物3-羟基存在

⑷ 链生长方向5 → 3

⑸ 产物DNA的性质与模板相同

4、E.coli  DNA聚合酶

(1)E.coli. DNA pol.I(Kornberg酶,400 copy/cell)

单体酶,分子量109Kd,含一个Zn2+,每个细胞中含400个DNA pol.Ⅰ

催化活性:

5 → 3 聚合活性

3 → 5 外切活性

5 → 3 外切活性

用蛋白水解酶将DNA pol.Ⅰ部分水解可得:

大片段(Klenow),75Kd,活性:5 → 3聚合活性、3 → 5外切活性。

小片段,36Kd,活性:5 → 3外切活性(只作用于双链DNA的碱基配对部分,切除修复)。

Klenow片段的用途

a 补齐DNA 3隐缩未端

b. 标记DNA片段未端

c.cDNA合成第二链

d.d DNA测序

(2)E.coli. DNA Pol.Ⅱ(100 copy/cell)

单体酶,分子量120Kd

催化活性:5→ 3聚合(活性很低)

                 3→ 5外切

可能在DNA的修复中起某中作用。

(3)E.coli.DNA pol.Ⅲ(复制酶,10-20 copy/cell)

寡聚酶,全酶由10种共22个亚基组成,α、ε和θ三种亚基组成核心酶。

DNA pol.Ⅲ是合成新链DNA主要的酶,又称复制酶(Replicase)

Pol.Ⅲ的5→3外切酶活性只作用于单链DNA。

★DNA聚合酶有6个结合位点

     ⑴ 模板DNA结合位点

     ⑵ 引物结合位点

     ⑶ 引物3-OH位点、反应位点

     ⑷ 底物dNTP结合位点

     ⑸ 5 → 3 外切位点(pol.Ⅱ没有)

     ⑹ 3 → 5 外切位点(校正)

5、真核生物DNA聚合酶

真核DNA聚合酶一般不具备外切活力,可能由另外的酶在DNA复制中起校正功能。

⑴ DNA聚合酶α,多亚基,功能与E.coli. pol.Ⅲ类似,是真核DNA复制酶。

⑵ DNA聚合酶β,主要在DNA损伤的修复中起作用。

⑶ DNA聚合酶γ,从线粒体得到,可能与线粒体DNA的复制有关。

⑷ DNA聚合酶δ,特点:有3, → 5外切活力。

(二)引物酶或RNA聚合酶(引发酶)

细胞内,DNA的复制需要引物(DNA或RNA),引物酶或RNA聚合酶可合成6-10个碱基的RNA引物。

★DNA复制为什么要用RNA引物?(为什么DNA聚合酶要用引物,RNA聚合酶不需要引物?)

⑴从模板复制最初几个核酸时,碱基堆集力和氢键都较弱,易发生错配

⑵新复制的最初几个核苷酸,没有与模板形成稳定双链,DNA聚合酶的5→3校对功能难发挥作用。

(三)解螺旋酶

大肠杆菌的解螺旋酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ与rep蛋白共同作用,将DNA两条链解开。

解螺旋酶I、II、III沿着模板链的5’→3’方向随着复制叉的前进而移动,而rep蛋白则在另一条模板链上沿3’→5’方向移动。

(四)DNA旋转酶

属DNA拓扑异构酶Ⅱ,可引入负超螺旋,消除复制叉前进时带来的扭曲张力。

拓扑异构酶分两类:I和II,广泛存在于原核生物和真核生物。

拓扑异构酶I使DNA的一条链发生断裂和再连接,反应无须供给能量,主要集中在活性转录区,与转录有关。

拓扑异构酶Ⅱ使DNA的两条链同时断裂和再连接,当它引入超螺旋时需要由ATP供给能量。分布在染色质骨架蛋白和核基质部,与复制有关。

(五)单链DNA结合蛋白(SSB)

复制叉上的解螺旋酶,沿双链DNA前进,产生单链区,大量的单链DNA结合蛋白与单链区结合,阻止复性和保护单链DNA不被核酸酶降解。

(六)DNA连接酶(ligase)

连接双链DNA上的切口。

大肠杆菌连接酶只能在模板上连接DNA缺口。T4DNA ligase即可连接粘性末端的DNA,又可连接平齐末端的双链DNA。

E.coli.和其它细菌的DNA ligase以NAD为能源,动物细胞和噬菌体DNA ligase以ATP为能源。