一、自然环境中的微生物

（一）空气中的微生物

空气中的微生物来源于土壤尘埃、人畜分泌物和水体。因缺乏营养物质和水分，且有日光辐射等杀菌因素，空气中的微生物一般难以生长繁殖。空气微生物的种类、数量因环境不同而不同。多数是细菌的芽胞和真菌孢子，仅有少数病原微生物，如溶血性链球菌、结核杆菌、白喉杆菌、百日咳杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、肺炎双球菌、麻疹病毒和流感病毒等。空气病原微生物污染程度与人群密度有关，人口密集的公共场所特别是医院等处，空气中病原微生物的数量与种类就会显著增高。

（二）水中的微生物

水中含有一定的有机物、可溶性无机盐等成分，是微生物的天然栖所。各种水体中都含有微生物，一般在水体上层和底部沉积物中微生物的数量较多。

水中的病原微生物来源于人畜粪便等排泄物的污染，种类主要有细菌如伤寒杆菌及其他沙门氏菌、痢疾杆菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、大肠埃希菌和炭疽杆菌等。此外钩端螺旋体和肠道病毒如脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、甲型肝炎病毒、轮状病毒等也可存在于水体之中。

（三）土壤中的微生物

土壤中的微生物主要分布于土壤的表层，在离地面10～20厘米深的土壤中最多，多以微菌落（microcolony）的形式聚集于土壤颗粒表面及植物根际。土层越深，微生物数量越少；而在土壤的表面，由于日光照射和干燥，微生物的数量也较少。不同地域，土壤中的微生物种类与数量也有很大差别，但每克土壤各类微生物的含量大体上有一个十倍系列的递减规律：细菌（10⁷）>放线菌（10⁶）>真菌（10⁵）>藻类和原生动物（10⁴）。细菌数量最多，约占土壤中微生物总数的70%～90%，以异养菌为主，无芽胞菌占优势。常见的类群有节杆菌属（Arthrobacterium）、假单胞菌属、土壤杆菌属(Agrobacterium)和芽胞杆菌属（Bacillus）等。

土壤中存在的病原微生物主要有痢疾杆菌、伤寒杆菌及其他沙门氏菌、霍乱和副霍乱弧菌、鼠疫耶氏菌、布鲁菌、土拉伦斯菌、产气荚膜杆菌、肉毒杆菌、炭疽芽胞杆菌、破伤风杆菌、钩端螺旋体及各种肠道病毒等，来源于人畜的粪便、痰液等排泄物、分泌物及尸体。进入土壤的病原微生物多系外来性微生物，属异养菌，营养要求高，不易适应土壤环境，因此在土壤中一般不能长期存活。