引起浅部感染的真菌常为多细胞真菌，包括皮肤癣真菌、表面感染真菌和皮下组织感染真菌3类，临床最常见的是皮肤癣真菌。浅部感染真菌实验室检查主要是直接镜检、培养荧光检查，通过每个菌属的形态特征进行鉴别。

引起深部感染的真菌多见单细胞真菌。白假丝酵母菌为条件致病性真菌，可产生厚膜孢子和假菌丝，临床可用商品化的显色培养基快速鉴定白假丝酵母菌与其他假丝酵母菌；申克孢子丝菌、组织胞浆菌、马尔尼菲青霉为双相性真菌。新型隐球菌宽大肥厚的荚膜是为主要特征，也是重要的致病物质。