标本采集是真菌检验的第一步，选择适宜的采集方法对检验结果至关重要。真菌的检验方法主要包括：形态学检查、分离培养和鉴定、免疫学检查、核酸检测等。直接镜检简便快速,发现菌丝或孢子即可诊断为真菌感染。根据需要选用不同的染色方法，可以清晰观察真菌的形态结构。通常情况下，形态学检查不能确定菌种，还需进行分离培养和鉴定。真菌的营养要求不高，最常用的培养基是沙氏培养基，经培养后形成酵母型、类酵母型或丝状菌落。  真菌进一步鉴定方法主要有：各类生化反应、芽管形成试验、厚膜孢子形成试验、免疫学检查、核酸检测等。

真菌药物敏感试验方法有：纸片扩散法、液体稀释法、琼脂稀释法、浓度梯度稀释法等，其中常用的为液体稀释法。