钩端螺旋体导致钩端螺旋体病；梅毒螺旋体导致梅毒；伯氏疏螺旋体引起莱姆病；回归热疏螺旋体引起回归热。几种螺旋体鉴定主要靠镜检和血清学检查。梅毒螺旋体血清学诊断试验以非梅毒螺旋体抗原试验进行过筛试验，以梅毒螺旋体抗原试验做确认试验。

支原体是最小的可人工培养的原核微生物，鉴定主要靠形态、菌落、生化反应和生长试验。

引起人类疾病的衣原体主要有沙眼衣原体肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体。鉴定包括直接细胞学检查、血清学检测和分子生物学检测。

立克次体可引起流行性班疹伤寒地方性斑疹伤寒和恙虫病。普氏立克次体和班疹伤寒立克次体与变形杆菌0X19和0X2株有共同的耐热多糖抗原，恙虫病立克次体与普通变形杆菌0X_k有共同多糖抗原，可用外斐反应诊断立克次体病。