细菌的形态学检查是临床细菌学检验常用且重要的检查方法，根据检查目的和方法不同，可分为染色和不染色标本检查两大类。革兰染色是细菌最常用的染色方法也是最经典的方法，可将细菌分成两类:G+菌（紫色）、G-菌（红色），在普通光学显微镜下能观察细菌的染色性、形态、排列分布和某些特殊结构（荚膜、芽胞、鞭毛）。细菌不染色标本检查法常用压滴法，主要用于观察活菌动力。选择适宜的培养基能够正确地对临床标本中的细菌进行分离培养，达到鉴定、鉴别和特殊培养的目的。

细菌接种根据检验目的不同，选用不同方法，含杂菌多的标本常用平板划线法。在临床细菌检验工作中，细菌的生化反应对鉴定未知菌具有重要作用。

用于临床快速检测血液和其他标本中是否存在细菌、真菌及分枝杆菌的感染。微生物鉴定的自动化和微型化已在临床微生物实验室中得以广泛应用，鉴定的速度和准确性大大提高，提高了工作质量，促进了临床微生物检验工作的开展。微生物药敏试验的自动化和微型化主要应用微量稀释法，检测原理有光电比浊法测定细菌浓度荧光标记法测定荧光强度的变化、氧化还原指示剂检测细菌生长代谢产物等方法。

利用抗原抗体特异对应关系，用免疫学方法可检测细菌抗原，或检测细菌感染后机体产生的特异性抗体。应用分子生物学检测技术可快速准确的鉴定微生物。