生物信息学

张丽晗

目录

  • 1 概论
    • 1.1 课程介绍
    • 1.2 概论(生物信息学简介)
    • 1.3 生物信息学的知识体系、课程及资源
    • 1.4 生物信息学主要学习的内容
  • 2 分子生物学内容复习
    • 2.1 核酸的结构
    • 2.2 中心法则与蛋白质的结构
    • 2.3 基因工程与分子系统发生分析
  • 3 引物设计
    • 3.1 PCR及引物设计原理
    • 3.2 引物设计软件的使用
  • 4 中英文生命科学研究文献检索和阅读
    • 4.1 文献检索
    • 4.2 文献阅读和分类
  • 5 生物信息数据库
    • 5.1 生物信息数据库概述
    • 5.2 三大生物信息学门户网站简介和展示
    • 5.3 genbank序列下载、提交及refseq
    • 5.4 genbank序列数据及其注释的解读
  • 6 生物序列的相似性搜索
    • 6.1 生物序列的相似性搜索
  • 7 DNAstar软件包简介
    • 7.1 DNAstar软件包简介
  • 8 phylip系统发生树的构建
    • 8.1 phylip系统发生树的构建
  • 9 蛋白质结构的生物信息学分析
    • 9.1 蛋白质结构的生物信息学分析
    • 9.2 案例1:埃博拉病毒gp蛋白的生物信息学简易分析
  • 10 转录组与宏基因组简介
    • 10.1 转录组与宏基因组简介
  • 11 生物信息学常用计算机技术
    • 11.1 linux操作系统简介
    • 11.2 python语言和R语言简介
  • 12 生物技术产业创新创业范例
    • 12.1 华大基因简介
  • 13 其他阅读材料
    • 13.1 教学大纲
    • 13.2 生物信息学电子讲义
    • 13.3 各类生物信息课程、科研及企业网站资源
    • 13.4 阅读资料
      • 13.4.1 新型冠状病毒研究文献1篇
      • 13.4.2 核酸测序技术文献
      • 13.4.3 生物信息学学科发展报告(2013-2017)
      • 13.4.4 生物信息学文献
    • 13.5 关于课程的补充说明
各类生物信息课程、科研及企业网站资源

各类资源网站链接


1. 课程资源:

山东大学《生物信息学》:https://www.bilibili.com/video/av22086086?p=2

北京大学《生物信息学》:https://www.bilibili.com/video/av35651619/?spm_id_from=333.788.videocard.0

清华大学《生物信息学》:https://www.bilibili.com/video/av44986673/?spm_id_from=333.788.videocard.0

生物信息快速入门:https://www.bilibili.com/video/av57704539/?spm_id_from=333.788.videocard.0

R语言与生物信息绘图:https://www.bilibili.com/video/av76270075/?spm_id_from=333.788.videocard.0

生物信息分析平台搭建:https://www.bilibili.com/video/av82149505/?spm_id_from=333.788.videocard.11

生物学概念与途径: https://www.bilibili.com/video/av18771633/

......

说明:其他课程资源如慕课网等可能需要注册等手续,为了便于大家利用网络资源,现介绍一些其他网站的资源,如bilibili视频网站就有大量的相关视频资源,方便学习,介绍大家观看使用:本课程主要目的是为大家介绍生物与信息学课程的一般内容,偏向生物学方向,上述部分课程资源难度较大,仅供感兴趣的同学借鉴参考学习。

 

2、著名生物信息学网站:

中国国家生物信息中心:https://www.cncb.ac.cn/

中国国家基因组科学数据中心(NGDC):https://ngdc.cncb.ac.cn/

中国科学院科学数据中心体系:https://www.casdc.cn/

+ 中科院化学专业数据库:http://www.organchem.csdb.cn/scdb/default.asp

美国国家生物技术信息中心(NCBI):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

欧洲生物信息研究所EMBL-EBI):https://www.ebi.ac.uk/

UniProt( Universal Protein)蛋白质数据库:https://www.uniprot.org/

UCSC基因组浏览器:https://genome.ucsc.edu/

中国国家基因库(CNGB):https://www.cngb.org/index.html

中国病毒资源基础数据库:http://virus.micro.csdb.cn/

生物软件网:http://www.bio-soft.net/3d.html

 ......

说明:上述网站为国内外著名生物信息学网站,请同学们积极登录了解相关网站信息。

 

3. 著名测序企业官网:

华大基因官网(深圳):https://www.genomics.cn/

生工生物工程(上海)股份有限公司:https://www.sangon.com/

贝瑞和康(北京):https://www.berrygenomics.com/

赛默飞(Thermo Fisher):https://www.thermofisher.com/cn/zh/home.html

百迈客(BIOMARKER):http://www.biomarker.com.cn/

Illumina:https://www.illumina.com.cn/

基因有限公司:https://www.genecompany.com/

基迪奥生物公司论坛:https://www.omicshare.com/forum/portal.php

......

说明:上述企业皆为国内较为著名的具有测序和序列分析业务的企业,同学们可以通过访问浏览其官网,了解行业发展概况、业务信息、招聘需求和要求、各类企业实用资源、资料和课程。

 

4. 拥有生信相关编程语言的重要网站:

1)(编程)菜鸟教程网址:https://www.runoob.com/

python:
https://www.runoob.com/python3/python3-tutorial.html
perl:
https://www.runoob.com/perl/perl-tutorial.html
R语言:
https://www.runoob.com/r/r-tutorial.html

2)cnds(国内专业编程开发者网站):https://www.csdn.net/

3)GitHub开源及私有软件项目的托管平台:https://github.com/