目录

  • 1 第一单元
    • 1.1 版权声明
    • 1.2 晶体衍射实验实践指导
    • 1.3 晶体学介绍
    • 1.4 衍射实验室培训方案
    • 1.5 晶体衍射实验的总体步骤
    • 1.6 晶体图片
  • 2 晶体上样操作
    • 2.1 仪器开关机步骤
    • 2.2 液氮cryo开关操作
    • 2.3 晶体样品装样过程
    • 2.4 显微镜下的晶体挑选
    • 2.5 衍射实验-晶体上样及对心介绍
    • 2.6 晶体对心过程
    • 2.7 Synergy仪器的开关门及上样
    • 2.8 FRX仪器的开关门及上样
    • 2.9 大分子晶体预先冷冻上样方法
    • 2.10 测角头事故案例
    • 2.11 封管测试方法
  • 3 数据收集软件操作
    • 3.1 晶体衍射实验软件操作
    • 3.2 CrysAlispro-小分子数据采集
      • 3.2.1 测试时长
    • 3.3 CrysAlispro-大分子晶体粗筛设置
    • 3.4 高温实验操作步骤
    • 3.5 晶体衍射数据质量判定
    • 3.6 twin indexing
    • 3.7 append data collection
  • 4 结构解析和精修
    • 4.1 结构解析介绍
    • 4.2 分析软件安装
      • 4.2.1 software updates - platon
      • 4.2.2 software updates - shelx
    • 4.3 结构解析操作
    • 4.4 checkcif report -olex2
    • 4.5 checkcif report - server
    • 4.6 CIF文件生成晶体学数据表
    • 4.7 晶体数据处理并生成MTZ
    • 4.8 晶面指标化-drag mode
    • 4.9 晶面指标化-snap mode
    • 4.10 去除精修的限制命令
    • 4.11 如何查看分析结果-cif文档?
    • 4.12 对称轴上的无序精修-part -1
    • 4.13 EXYZ和EADP-OLEX2
    • 4.14 phasing simulated annealing and refinement
    • 4.15 position disorder modeling - two methods
    • 4.16 phasing - shelxD
    • 4.17 EXYZ-disorder modeling
    • 4.18 Fragment DB application case
    • 4.19 import model using OLEX2
    • 4.20 add symmetry via Platon
    • 4.21 part-1 Na3HCO3CO3
    • 4.22 phasing by MR(分子置换)with PHENIX
    • 4.23 checkcif using platon
  • 5 粉末衍射技术
    • 5.1 粉末衍射样品制备
    • 5.2 简易的粉末衍射零点校正方法
    • 5.3 粉末衍射实验 - 步长0.02?
    • 5.4 结晶度
    • 5.5 实操-寻峰与报告
    • 5.6 溶剂体积计算软件
    • 5.7 择优取向对峰强和峰位置的影响
    • 5.8 样品研磨过筛与不研磨样品测试差异
  • 6 蛋白结构精修
    • 6.1 tutorial结构精修
  • 7 晶体结构缺陷分析技术
    • 7.1 案例1-弥散散射-对分布函数
    • 7.2 案例2-diffuse scattering
    • 7.3 run discus
    • 7.4 read and plot
      • 7.4.1 build a crystal
      • 7.4.2 build a disordered crystal
      • 7.4.3 disorder and vacancy
    • 7.5 RMC fitting to pdf date
  • 8 checkcif回复及其修正
    • 8.1 VRF回复方法
    • 8.2 412_ALERT_2_B and 417_Alert_2_A and 416
    • 8.3 PLAT342_ALERT_3_B回复
    • 8.4 THETM01_ALERT_3_A
    • 8.5 PLAT029_ALERT_3_A
    • 8.6 PLAT910_ALERT_3_B
    • 8.7 PLAT035_ALERT_1_B
    • 8.8 Short H--H contacts
    • 8.9 196_alert_1_B no temp
    • 8.10 312_alert_2_A
    • 8.11 415_alert_2_A
    • 8.12 430_alert_2_A
    • 8.13 O70_Alert_1_A
    • 8.14 934_ALERT_3_A
    • 8.15 316_ALERT_2_A
    • 8.16 413_414_ALERT_2_A
    • 8.17 O35_ALERT_1_B
    • 8.18 196_ALERT_1_B
    • 8.19 112_ALERT_2_B
    • 8.20 417/410_short d-h and h-h
  • 9 审稿人意见回复案例
    • 9.1 实际案例1-限制与对称
    • 9.2 实际案例2- atom list out of sequence
  • 10 虚拟仿真实验
    • 10.1 虚拟仿真实验体验介绍
    • 10.2 虚拟仿真实验体验项目
  • 11 FAQ常见问题
    • 11.1 如何查看晶体结构?
    • 11.2 TwinRot不正常工作
    • 11.3 twin检测
    • 11.4 OLEX多个溶剂分子的输入格式
    • 11.5 如何生成二维衍射图片
    • 11.6 如何判断预实验结果的好坏?
    • 11.7 什么样的数据才能用于结构解析?
    • 11.8 如何查看晶体在测试过程中是否移动?
    • 11.9 衍射点拖尾能用来解析结构吗?
    • 11.10 label atom and bond
    • 11.11 Z and Z'
    • 11.12 Laue group 和 点群
    • 11.13 flack参数的意义
    • 11.14 0.63的占位可以限制在0.5吗?
    • 11.15 P21 或者 P21C
    • 11.16 rms sigma / rms deviation
    • 11.17 how to use CCDC
    • 11.18 change asymmetric unit
    • 11.19 change asymmetric unit - H2O
    • 11.20 data collection and refinement for paper writing
    • 11.21 变换晶胞参数取向和空间群
    • 11.22 查看无序分子占位信息
    • 11.23 crystalline boundary 晶界
    • 11.24 移除无序部分,保存为有序结构-1
    • 11.25 移除无序部分,保存为有序结构-2
    • 11.26 C2/c or I2/a? which one should be choosed?
    • 11.27 Conventional and reduced cell
    • 11.28 twinning introduction
    • 11.29 same.sadi mismatch
    • 11.30 TITL error
    • 11.31 COD结构数据库应用-查找AlF3
    • 11.32 Rint for HKLF4 and HKLF5
    • 11.33 optimal crystal size and shape
    • 11.34 修改datablock的名称
    • 11.35 cif生成粉末衍射图和比对
  • 12 结晶实验操作
    • 12.1 结晶实验-结晶机器人操作
      • 12.1.1 结晶机器人操作
      • 12.1.2 结晶机器人关机步骤
      • 12.1.3 LCP设置不当与96板运行
      • 12.1.4 仪器未按照流程关机事故
      • 12.1.5 毛刷清洗
      • 12.1.6 非正常暂停后重启仪器步骤
      • 12.1.7 泵的开关on 还是off
    • 12.2 使用常见误操作
      • 12.2.1 96针清洗没有清洗
      • 12.2.2 水槽没有归位
      • 12.2.3 导向板未归位
    • 12.3 维护
      • 12.3.1 查看96针状态
      • 12.3.2 导板不能下滑
    • 12.4 考核方法
  • 13 JAN UVEX-P 操作
    • 13.1 UVEX - P 操作步骤
    • 13.2 问题1 - 紫外过曝使用
  • 14 液体配比仪操作
高温实验操作步骤

此实验风险包括:探测器和测角仪的损坏,维修价值200万以上。此实验须在管理员监管下进行操作。

(王妍同学提供)

High temperature Single crystal diffraction

准备工作及注意事项 (400K):

1 设置goniometer park position (60060136),确保升温过程中goniometer和探测器不会损坏

在整个流程中,始终保证(1kappa 20以上;2)探测器70mm以上;(3)归位位置设置为安全位置,见1;(4)整个测试位置kappa不能在home位置上。

检查仪器是否归位安全位置的方法:点击F12,点击EXIT。查看仪器是否归在安全位置。比如:goniometerpark position (60060136)

 设置完毕后,系统测试一次。确保运行正常。

 

仪器对心操作:

1)使用CAP软件(online版本);

2)仪器归位到装样位置:点击mount或者F12

3)仪器的门必须轻开,轻关。

4Synergy开门不需要按开门键,关门后需要按关门键。

5)晶体对心(标准:对心后,前后左右位置相差小于20微米。)

注意:如果晶体放上后,在摄像头中,看不见晶体位置,严禁盲目调节。请及时告知仪器管理员处理。(调节参考标准:载晶座的2个活动台阶应对心。)


 数据采集步骤:

1 设定温度(确保开启空气压缩机)

开启温控:点击cyro;点击restart;点击set;设定目标温度;点击cool;点击Ok

关闭低温:点击cyro;点击set;点击end;点击Ok

 

2 运行测试

1点击screen的设置按钮,设置探测器距离70 (350K的情况下,设置 50)

晶体质量良好的判断标准:指标化率 > 80%;衍射强度:Moderatelydiffracting sampleWell diffracting sample

2 Pre-experiment测试

命名;点击pre-experiment; Detector distance70

3 Experiment stratedy设定

Resolution: 0.80Laue group:默认;

Friedel pair...(手性化合物不要勾选);Detector distance70

Strategy modedefault

Time prediction based on data to 0.8 Angexptime设定在I/sigma>15

Scan width:默认。

点击calculate new strategy;和点击Updatecompleteness

点击start named experiment,设定晶体颜色,大小,形状等参数。

点击cancel

4 )点击advanceone angle constriants30,80

5)运行测试。