离散事件系统建模中存在的困难，主要可概括为以下几个方面：

一是离散事件的发生时刻是离散的，不连续性是它的本质特征；

二是离散系统的性能指标往往具有一些离散的特征，如零件的加工时间等；

三是系统中普遍存在着一些随机性的因素；

四是复杂离散系统通常是具有分层和递阶特征。为降低建模和分析的难度，常需要将系统分解为若干既相互独立又相互作用的子系统，在完成局部和低层次系统建模与分析的基础上，再构建整个系统模型，完成系统性能的分析；

五是存在“状态爆炸”性和计算可行性问题。离散事件系统的状态随着系统规模呈指数方式增加，由此导致计算量急剧增加，带来模型求解上的困难。

当前，对离散事件系统模型进行研究的主要工具有：实体流图法、活动循环图法、Petri网模型、系统动力学模型、库存系统模型、排队系统模型等。它们研究的重点和建模手段各有不同，适用于不同的研究对象和研究目标。但总的来说，尚没有形成一套统一的和具有普适性的建模理论与方法。