目录

  • 1 第一单元
    • 1.1 晶体衍射实验实践指导
    • 1.2 晶体学介绍
  • 2 晶体上样操作
    • 2.1 衍射实验-晶体上样及对心介绍
    • 2.2 晶体样品装样过程
    • 2.3 显微镜下的晶体挑选
    • 2.4 Synergy仪器的开关门及上样
    • 2.5 FRX仪器的开关门及上样
    • 2.6 大分子晶体预先冷冻上样方法
    • 2.7 晶体对心过程
  • 3 数据收集软件操作
    • 3.1 CrysAlispro-小分子数据采集
    • 3.2 CrysAlispro-大分子晶体粗筛设置
    • 3.3 晶体衍射实验仪器操作
    • 3.4 晶体衍射数据质量判定
  • 4 结构解析和精修
    • 4.1 结构解析介绍
    • 4.2 分析软件安装
    • 4.3 结构解析操作
    • 4.4 checkcif report生成
    • 4.5 CIF文件生成晶体学数据表
    • 4.6 蛋白晶体数据处理
    • 4.7 晶面指标化
    • 4.8 移除无序部分,保存为有序结构
    • 4.9 去除精修的限制命令
  • 5 checkcif回复及其修正
    • 5.1 412_ALERT_2_B修正
    • 5.2 PLAT342_ALERT_3_B回复
    • 5.3 THETM01_ALERT_3_A
    • 5.4 PLAT029_ALERT_3_A
    • 5.5 PLAT910_ALERT_3_B
    • 5.6 VRF回复方法
  • 6 审稿人意见回复案例
    • 6.1 实际案例1-限制与对称
  • 7 虚拟仿真实验
    • 7.1 虚拟仿真实验体验介绍
    • 7.2 虚拟仿真实验体验项目
  • 8 FAQ常见问题
    • 8.1 如何查看晶体结构?
    • 8.2 TwinRot不正常工作
    • 8.3 twin检测
    • 8.4 OLEX多个溶剂分子的输入格式
    • 8.5 如何生成二维衍射图片
    • 8.6 如何判断预实验结果的好坏?
  • 9 结晶实验操作
    • 9.1 结晶实验-结晶机器人操作
      • 9.1.1 结晶机器人操作
      • 9.1.2 结晶机器人关机步骤
      • 9.1.3 LCP设置不当与96板运行
      • 9.1.4 仪器未按照流程关机事故
  • 10 JAN UVEX-P 操作
    • 10.1 UVEX - P 操作步骤
PLAT342_ALERT_3_B回复
PLAT342_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds     0.02033 Ang.
 

Author response: Bond precisiondepends on following factors: 1) data parameter ratio; 2) the inverse of thenormal matrix of least square; 3) the residual between observed and calculatedintensities; 4) the accuracy of the cell constants.

In this case, thealert is mainly caused by the third factor. The observed intensities might stillbe affected by both extremely strong absorbers (mu = 31 mm-1) and small needle-shapedsample (0.01 x 0.02 x 0.10 mm3), though the numerical and empiricalabsorption correction were applied; crystal structure model affected by high thermalvibration might induce a low precision of C-C bond lengths, for the data wascollected at room temperature.