目录

  • 1 第一单元
    • 1.1 晶体衍射实验实践指导
    • 1.2 晶体学介绍
  • 2 晶体上样操作
    • 2.1 衍射实验-晶体上样及对心介绍
    • 2.2 晶体样品装样过程
    • 2.3 显微镜下的晶体挑选
    • 2.4 Synergy仪器的开关门及上样
    • 2.5 FRX仪器的开关门及上样
    • 2.6 大分子晶体预先冷冻上样方法
    • 2.7 晶体对心过程
  • 3 数据收集软件操作
    • 3.1 CrysAlispro-小分子数据采集
    • 3.2 CrysAlispro-大分子晶体粗筛设置
    • 3.3 晶体衍射实验仪器操作
    • 3.4 晶体衍射数据质量判定
  • 4 结构解析和精修
    • 4.1 结构解析介绍
    • 4.2 分析软件安装
    • 4.3 结构解析操作
    • 4.4 checkcif report生成
    • 4.5 CIF文件生成晶体学数据表
    • 4.6 蛋白晶体数据处理
    • 4.7 晶面指标化
    • 4.8 移除无序部分,保存为有序结构
    • 4.9 去除精修的限制命令
  • 5 checkcif回复及其修正
    • 5.1 412_ALERT_2_B修正
    • 5.2 PLAT342_ALERT_3_B回复
    • 5.3 THETM01_ALERT_3_A
    • 5.4 PLAT029_ALERT_3_A
    • 5.5 PLAT910_ALERT_3_B
    • 5.6 VRF回复方法
  • 6 审稿人意见回复案例
    • 6.1 实际案例1-限制与对称
  • 7 虚拟仿真实验
    • 7.1 虚拟仿真实验体验介绍
    • 7.2 虚拟仿真实验体验项目
  • 8 FAQ常见问题
    • 8.1 如何查看晶体结构?
    • 8.2 TwinRot不正常工作
    • 8.3 twin检测
    • 8.4 OLEX多个溶剂分子的输入格式
    • 8.5 如何生成二维衍射图片
    • 8.6 如何判断预实验结果的好坏?
  • 9 结晶实验操作
    • 9.1 结晶实验-结晶机器人操作
      • 9.1.1 结晶机器人操作
      • 9.1.2 结晶机器人关机步骤
      • 9.1.3 LCP设置不当与96板运行
      • 9.1.4 仪器未按照流程关机事故
  • 10 JAN UVEX-P 操作
    • 10.1 UVEX - P 操作步骤
结晶实验-结晶机器人操作

                                     结晶机器人组成:

结晶机器人共有三个部分组成:控制计算机,结晶机器人主机,泵系统用于吸取溶液、加样和排出废液。设备配有结晶液深孔板位置、96孔结晶板位置,一个清洗池、4个nano溶剂位置和一个nano清洗位置。
(如果仪器发生针头撞击、错位或其他紧急情况,请直接关闭仪器主机开关或在软件中点击stop按钮。)

仪器配有三种吸液和加样针96孔针,LCP针,Nano针(每一个针的费用是3000元人民币)。确保每一个针都移动顺滑并且严格的进行清洗操作。Nano针请使用高纯水(或者2% detergent)和 NaOH 清洗。
96针的使用体积范围:100nl - 100 ul
Nano 针的使用体积范围:100nl - 100 ul
LCP的最大使用体积:100ul


                              结晶机器人注意事项:
1)确保有三个清洗瓶中有足够的清洗液和能存放5升废液的废液桶;
2)确保使用的深孔板、结晶板、清洗槽(!!!)都安装在正确的位置上,所有板子上的封口膜都已经取下。--- 最常见针尖损坏的原因是清洗槽或深孔板安装位置异常,导致柔性针尖向下运动受阻而出现不可恢复的弯折。严重的情况,可能使得整个针管崩裂。(联机前,确保没有将板子安装在仪器上。)


3)确保调用的实验流程中LCP,Nano,96针的Distanceabove bottom参数是经过测试,并与目前的板子匹配,没有撞针的危险(下图是一个撞弯的LCP针。)。

标准:
a)LCP“Distance above bottom”调整到能正常点下0.1uL水为准,并且针尖不会触碰板子底部。(从高到低进行调节)
b)目测96针和板的距离调整到如果有几个针微微弯曲是可以接受的,因为每个孔的深浅不能保证一致。
4)使用前,平衡,缓慢抬起导向板,确保96针没有针弯曲。如不能抬起导向板,请用毛刷清洗至能顺利抬起。如果某个针有弯曲,说明这个点位的孔有堵塞。请使用软毛刷子,用纯水刷洗针头和导向板,直至没有针尖弯曲。


             图示:沾满结晶液的导向板(请使用的同学一定仔细清洗)
5)确保运行流程中,前后都有清洗程序,运行前清洗3次,运行完毕后清洗6次。
6)设置程序时,针尖过液面不要超过导向板的距离。
7)设定好参数后,保存好自己的运行程序。使用新的结晶板需要重新设置。
8)严格按照开关机顺序操作。