2.微生物的分类鉴定和命名

一）微生物的分类鉴定

1．几个概念

分类(classification)：

根据一定原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对已知微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述。

鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。

命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有名称；

常用的细菌分类学术语：

培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。

菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；如Bacillus subtilis AS1.398是一株生产蛋白酶的枯草芽孢杆菌；Bacillus subtilisBF7658是一株生产生产α淀粉酶的菌株。

在进行微生物分类鉴定前，首先必须获得该微生物的纯培养物，然后根据一系列分类特征进行鉴定。一般是先根据形态特征鉴别其属于哪一个大类（细菌、放线菌、酵母菌或霉菌）；再根据其生理生化特征、生态特征、免疫特征和遗传特征等，借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于哪个目、科、属、种；最后与该种的模式种（type species）加以比较并命名。

2、 分类单元

种以上的分类单元自上而下依次分为7个等级，它们是：

界（Kingdom）、门（Phylum或 Division）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）。

70年代以前，生物类群间亲缘关系判断的主要根据表型特征：形态结构、生理生化、行为习性等。生物的分界也经历了不同的阶段和学说：

两界：植物界、动物界

三界：植物界、动物界、原生生物界

四界：植物界、动物界、原始生物界（原生动物、真菌、部分藻类）、菌界（细菌&蓝细菌）

六界：后生动物界、后生植物界、真菌界、原生生物界、原核生物界、病毒界

五界：植物界、动物界、真菌界、原生生物界、原核生物界

3、三（界）域学说

1970S，Carl Woese，根据16SrRNA序列的同源性的比较提出。生物界分为三个域，包括细菌域（Bacteria）、古生菌（Archaea）和真核生物域（Eukarya）。前二者属于原核生物。

4、微生物的分类系统纲要

美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)于1923年编写第一版；1957年第七版 ：1974年第八版：撰稿人多达130多位，涉及15个国家；1994年第九版：35组，751属。

1984年：出版了Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology《伯杰氏系统细菌学手册》，共有4卷，2005年又有了第二版，5卷，25个门。

古菌域：2门5组8纲11目17科63属208种

细菌域：16门26组27纲62目163科814属4727种

二）微生物的命名

微生物的名字有俗名和学名两种。俗名是通俗的名字，如结核分支杆菌俗称结核杆菌，铜绿假单胞菌俗称绿脓杆菌等。学名是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分尖的国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成。学名的命名常用双名法。

由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示。

属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写，种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写。

大肠杆菌（Echerichi coli），

酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）。