一、填空题

1、蛋白质二级结构预测算法可概括为哪三种类别            、          、           。

2、蛋白质三级结构预测最常用也是精度最高的方法是                。

3、分子力学的方法计算蛋白质三级结构的基本假设是：蛋白质天然构象是            的构象。

4、蛋白质结构从头预测遇到的两大难题一是分子折叠态与非折叠态之间的能量         ，

二是                   问题。

5、请例举两个二级结构预测方法               、                。

6、Chou-Fasman方法二级结构预测的基本出发点在于对于蛋白质中              在不同的             中出现的          进行统计分析得出                           ，然后在一定规则的指导下就可以进行预测。

7、蛋白质组学研究常使用                 技术，该方法首先是                  ，然后是                    电泳。

8、1986年Von Heijine通过对各种跨膜蛋白的统计分析发现，带      电荷的氨基酸主要分布在紧靠膜内连接跨膜区的环上，这就是所谓的“                     规则”。

9、根据以下Blast结果，说明我们检索的蛋白质可能的功能注释为              蛋白。

10、对蛋白质二级结构预测方法可采用参数Q3评估：Q3=（Pα+Pβ+Pcoil）/T，其中Pα代表                            、Pβ代表                               、Pcoil代表                         ，T为                              。

 

二、选择题

1、对于蛋白质同源结构模建，通常要求待模建序列与模板序列一致性超过（   ）

A. 60%   B. 50%    C. 40%   D.30%

2、对于搜索不到同源模板的蛋白质，可尝试用以下哪种方法模建结构（   ）

A. Threading 法  B. SWISS-MODEL网络服务器  C. Homology法  D. 没有办法模建

3、给定一段核酸序列，可通过什么方法查找上面蛋白质编码区（  ）

A．ORF Finder   B. CpGPlot    C. SWISS-MODEL   D. Dock

4、同源结构预测时搜索到以下可用的模板，应选用哪个模板比较好（   ）

A. NMR测定的结构,一致性为30%       B. X-ray测定结构，一致性为38%，3.0Å

C. X-ray测定结构，一致性为38%，2.0Å  D. X-ray测定结构，一致性为30%，2.0Å

5、预测蛋白质上的跨膜区，可使用以下哪种软件或方法（  ）

1. GeneSplicer   B. Chou-Fasman算法    C. GOR     D.TMHMM

6、分析蛋白质在细胞中的定位，可使用（   ）

1. SWISS-MODEL  B. PHD  C.TargetP  D. RepBase

 

三、名词

AA CompIdent，Compute pI/Mw，PeptIden，ProtScale，比较模建(Comparative modeling)，同源模建（homologousmodeling），一维-三维剖面法，从头预测（ab initio prediction），卷曲螺旋（coiled-coils），折叠识别，InterProScan，PHD，PSIPRED，信号肽，跨膜区，正电荷局内规则

 

四、问答

1、实验中从鲨肝DNA文库中获得一段基因序列，简述如何用生物信息学方法分析其功能。

2、简述蛋白质结构同源模建的原理和一般过程。

一、填空题

1、对于任一DNA序列（或cDNA序列），可能存在      种不同的阅读框，其中     个为正向的，      个为反向的。

2、原核生物启动子有两段保守序列，即          左右的TATAAT，以及      左右的TTGACA，它们为           结合位点和识别位点。

 

二、名词

外显子，内含子，启动子，终止子，起始密码，终止密码，ORF，Kozak序列，密码子使用频度，ORF Finder，GT-AG法则，GeneSplicer，CpG岛，REBASE，Alu序列，RepBase，电子克隆，中度重复序列，高度重复序列  

 

三、问答

1、真核生物基因结构与原核生物基因结构相比有哪些异同点。

2、试述基因结构分析的一般步骤。