用粘粒载体构建山羊基因组文库
1.载体的制备
25 μg SuperCos1,按照试剂盒说明书介绍的操作方法,用XbaⅠ(9 U/μg)完全酶解线性化,经牛小肠碱性磷酸酶(1 U/μg)去磷酸处理,再用BamHⅠ(5 U/μg)完全消化为1.1 kb和6.7 kb的两臂。
2.山羊基因组DNA制备
2g雌性萨能奶山羊4月龄胎儿组织块,在-80 ℃条件下取出,碾成粉末,PBS洗1次,加入10 mL裂解液(10 mmol/L Tis·Cl,pH 8.0; 100 mmol/L NaCl; 25 mmol/L EDTA,pH 8.0; 0.5%SDS),10000 r/min匀浆1 min,加入过量蛋白酶K粉末,50 ℃温育4-6 h,每20 min轻轻颠倒混匀1次,待溶液澄清、透明后升温至70 ℃,加入4 μL RNA酶(100 mg/mL)混匀,温育30 min。冷却至室温后加入15 mL 变性缓冲液(80%Formamide; 0.8 mol/L NaCl; 20 mmol/LTis·Cl,pH 8.0),15 ℃静置12 h后倒入透析袋中,对5 L 0.1 mol/L NaCl 、20 mmol/L Tis·Cl (pH8.0)、10 mmol/L EDTA(pH8.0)透析3次,每次12 h,然后再对5 L 10 mmol/L NaCl、10 mmol/L Tis·Cl(pH8.0)、0.5 mmol/L EDTA(pH8.0)透析6次,每次12 h。测得OD260/OD280=1.76,脉冲电泳检查大小。
3.插入片段的制备
a. 建立基因组DNA不完全酶切条件
b. 分离40 kb左右的片段 按最适条件放大,消化100 μg基因组DNA,然后用牛小肠碱性磷酸酶脱磷,经10%-40%蔗糖线性梯度离心,连续分部收集在24个500 μL EP管中(每管480 μL),取3、5、7……21号管走脉冲电泳,合并13-16管,透析去蔗糖,并浓缩、抽提。
4.连接与包装
载体与插入片段比例分别为12.5、15.0和1:10.0,16 ℃条件下2000 U T4DNA连接酶连接过夜,用GigapackⅢ XL包装蛋白体外包装。
5.转染
按照试剂盒说明书介绍的方法,将包装产物转染E.coli XL-Blue MR,菌落用LB培养液(含50 μg/mL)氨苄青霉素)冲洗收集,菌液配成15%的甘油溶液,混匀后用1.5 mL 的EP管分装,-80 ℃冷冻保存。
6.重组子的鉴定
随机接种120个单菌落,培养过夜,采用碱裂解法提取质粒,0.6%琼脂糖凝胶电泳检查阳性克隆数,部分粘粒用EcoRⅠ消化,电泳检查片
段大小。
7.PCR分析
根据人、山羊、绵羊的某些基因设计5对PCR引物,每对引物设3个反应管,阳性对照以基因组DNA为模板,检查管以粘粒文库DNA为模板,阴性对照管不加模板。