基因组DNA的提取与纯化
一、材料:银杏等木本植物。
二、主要试剂
CTAB抽提液:1g CTAB,5ml 1M Tris, 2ml 500mM EDTA,4.1g NaCl定容至50ml。(2% CTAB,0.1MTris,20mM EDTA,I.4MNaCl,pH8. 0)
CTAB/NaCl: 10g CTAB,4.1g NaCl,溶解后定容至100ml。(10% TAB, 0. 7M NaCl)
TE/NaCl: 0.5ml 1M Tris,10μL 500mMEDTA,2.9gNaCl定容至50ml。(10mMTris,0.1mM EDTA,1M NaCl,pH8.0)。
Rnase :溶于10mMTris.Cl (pH7.5),15mM NaCl溶液中,配成10mg/ml浓度,于100℃加热15min,缓慢冷却至室温,添加等体积甘油后贮于-20℃。
3 mol/L NaAc(pH 5.2),氯仿:异戍醇(24:1)。β-巯基乙醇,氯仿,异丙醇,异戊醇,饱和酚,无水乙醇,不溶性PVP等。
三、实验步骤
①吸取8mlCTAB 抽提液,加入320μL β-巯基乙醇,混匀,预热至65℃;
②称取0.5克叶片,置于事先用液氮预冷的研钵中,快速加入适量不溶性PVP,加入液氮研磨成粉未;
③迅速将粉未倒入至CTAB抽提液中,摇匀,65℃保温1h,期间每隔5min摇匀一次;
④加入等体积氯仿/异戊醇(24:1),颠倒数次,10000rpm离心5min;
⑤将上清液转入另一无菌离心管中,加入1/10体积CTAB/NaCl、等体积氯仿/异戊醇,颠倒混匀,1000rpm离心10min;
⑥将上清液转入一无菌离心管中,加入2/3体积异丙醇,颠倒混匀,置于-20℃冰箱中一小时,然后10000rpm离心10min;
⑦弃掉上清液,加入TE/NaCl缓冲液溶解沉淀,10000rpm离心;
⑧上清液转入一个1.5mL无菌离心管中,加入1/10体积NaAc及2/3体积异丙醇,颠倒混匀,此时会出现絮状沉淀,钩出此沉淀,在70%乙醇中漂洗数次,用无菌滤纸上吸干,溶于含Rnase浓度为10μg/mL的0.5mL TE缓冲液中,37℃处理半小时,加入等体积的酚/氯仿(体积比为1:1),轻轻混匀,室温下静置10min,12000rpm离心1 min,上清液转入新离心管中,加入1/10体积的3 mol/L NaAc (pH5.2)和二倍体积的无水乙醇,颠倒混匀,此时已出现DNA絮状物, - 20℃ 放置30min以上,用玻璃棒钩出DNA絮团,在70%乙醇中漂洗,无菌滤纸上吸干,溶解于0. 5mL TE缓冲液中,-2 0℃保存。
电泳分析:取2μL DNA样品在0.7%琼脂糖凝胶上电泳,溴化乙锭染色,紫外灯上观察和拍照。