针灸起源的历史可追溯到我国原始社会氏族公社时期。针刺起源于砭，最早的针刺工具是砭石；灸法起源于远古先民对火的利用；拔罐起源于原始社会，常与针灸结合应用，初时已兽角为罐具，故古称“角法”。这一阶段具有代表性的医家有传说中的岐伯、伯高、少俞等和春秋时期的名医医缓、医和等。

1973年在湖南长沙马王堆三号汉墓出土的医学帛书中，有两种古代经脉的文献，即“足臂十一脉灸经”、“阴阳十一脉灸经”。其中对十一经脉的循行分布、病候表现及灸法进行了论述，这是现存最早的针灸学文献，反映了经络系统认识的早期面貌。

约成书于战国末期的《黄帝内经》是中医学的奠基性著作，也是针灸理论创立的标志性医学文献。《黄帝内经》对经络的循行和病候、腧穴、针灸方法及适应症、禁忌症等，作了比较详细的论述，尤其是《灵枢》中有大量篇幅专门论述针灸学理论和临床治疗，故被称为“针经”，标志着针灸理论体系的基本形成。

大约成书于汉代的《黄帝八十一难经》中关于奇经八脉和原气的论述，补充了《黄帝内经〉的不足；同时，还提出了八会穴，并用五行学说对五输穴的理论和应用进行了详细的解释，进一步充实了针灸学理论体系。已佚的《明堂孔穴治要》应该是这一时期有关腧穴的专著。

当时有许多著名的医学家都很重视针灸学，如战国时期的扁鹊，令弟子子阳针“三阳五会”治疗虢太子的尸厥成为千古流传的佳话。东汉名医张仲景创立六经辨证，在《伤寒杂病论》中也记载了许多针灸处方，主张针药并用，辨证论治。精于外科的名医华佗，亦对针灸颇有研究，创立了“华佗夹脊穴”。

魏晋至明末，针灸名家辈出，学术高峰迭起，在针灸发展史上留下了光辉的一页。魏晋时代的皇甫谧的《针灸甲乙经》为现存最早的针灸学专著。唐初时针灸已成为专门的学科，设“针师”、“灸师”等专业称号。孙思邈《备急千金要方》中绘制的“明堂三人图”，是历史上最早的彩色经络腧穴图（已佚），他还创用了“阿是穴”和“指寸法”。金代何若愚创立的子午流注针法，提倡按时取穴法，对后世影响较大。

元代的滑伯仁对经脉的循行及其相关的腧穴进行了考订，著《十四经发挥》，首次 把任、督二脉和十二经脉并称为“十四经”。明代是针灸学发展史上较为活跃的时期，具体的表现在对前代针灸文献的整理和研究，出现了许多学术流派和争鸣，创立了丰富的针刺手法，对于没有归经的穴位进行归纳而形成“奇穴”。

代表性的医家和著作有陈会的《神应经》、徐风的《针灸大全》、高武的《针灸聚英发挥》、杨继洲的《针灸大成》、吴昆的《针方六集》、汪机的《针灸问对》、张介宾的《类经图翼》、李时珍的《奇经八脉考》等。其中，《针灸大成》可谓是继《针灸甲乙经》后，针灸学的第三次总结。

清代至民国时期，针灸逐渐衰退，处于发展的低谷极端。

新中国成立后，由于党和国家制定了发展中医的政策，中医针灸事业出现了前所未有的繁荣景象。全国各地相继建立了中医院校、中医医院和研究机构，针灸学作为中医院校学生的必修课程，针灸科是必设的科室。