免疫系统的重要功能之一是识别抗原并对抗原物质产生免疫应答。理论上，机体的免疫系统可对所有抗原物质产生免疫应答，但实际上在生理条件下，免疫系统仅对“非己”抗原刺激产生较强的免疫应答，以清除抗原，称为免疫正应答；而对自身组织细胞表达的自身抗原一般不产生较强的应答或无应答，称免疫负应答。这种在一定条件下机体免疫系统接触某种抗原刺激后所表现出的特异性免疫低应答或无应答状态，称为免疫耐受（immunologicaltolerance 或immunotolerance）。其特征是机体再次接触同一抗原时，不发生可查见的免疫反应，但对其他抗原仍保持正常的免疫应答。诱导免疫耐受形成的抗原称为耐受原（tolerogen）。同一抗原物质在不同情况下既可以是耐受原，也可以是免疫原（immounogen），这主要取决于抗原的理化性状、剂量、进入机体途径和被免疫个体的遗传背景等因素。免疫耐受具有免疫特异性，即仅对某一特定的抗原无应答或低应答，但对其他抗原仍保持正常免疫应答能力。免疫耐受的作用与机体的正免疫应答相反，但两者均是免疫系统的重要功能组成。免疫耐受与免疫应答之间的平衡对于保持免疫系统和机体的自身稳定（homeostasis）相当重要。对自身抗原的耐受可以避免自身免疫病的发生，但若对外来抗原如病原体或突变的细胞产生耐受，将可导致严重感染的发生和肿瘤的形成。