粘膜免疫系统（mucosal immune system）是全身免疫系统的一个重要组成部分，由粘膜局部的粘膜相关淋巴组织（mucosal-associated lymphoid tissue, MALT）及免疫细胞组成，主要针对经粘膜表面进入的微生物产生应答，抵抗微生物对机体的侵袭。到目前为止，我们对粘膜免疫的了解绝大部分是建立在对胃肠道粘膜免疫研究基础上的，而对呼吸道、生殖道的免疫应答了解较少，但所有粘膜淋巴样组织内的免疫应答的特征基本类似。故本章以胃肠道的粘膜免疫为主进行叙述。