1950年代土改之后，大量的徽州文书流向社会。土改时，由于不懂其价值，很多古籍文书遭到严重破坏。屯溪和歙县私营土特产信托公司，大量收购徽州文书和古籍化纸浆造纸，作制炮竹。当时黄宾虹的画10元一张，唐伯虎的画一张80元，大量文书遭到破坏和流失。

1956年，屯溪古籍书店的成立，徽州文书的发现出现了第一个高潮。当时上海古籍书店的古籍版本专家从屯溪收购到珍贵古籍，引起了李一氓、郑振铎等专家的关注，当即上书安徽省委曾希圣书记“保护和抢救徽州古籍”。于是，徽州地区屯溪古籍书店成立，开始抢救性收购徽州古籍。屯溪古籍书店负责人余光庭，在祁门供销社废品收购库房挑选古籍时，竟发现堆积如山的“废纸堆”，几乎全是各个朝代遗存下来的各种契约、鱼鳞册之类，其中有的还是宋代之物，有画押和手印，他觉得这些东西毁了可惜，便以8分钱一斤收购了整整30麻袋。当时并未意识到，就是这一偶然举动，从此揭开了“中国历史文化第五大重要发现”的序幕。1957年社科院历史所收购了约十万多件文书。

1980年后，随着徽学（徽州学）研究的兴起，徽州文书的发现出现了第二个高潮，大量的文书被发现，并兴盛至今。

徽州文书不仅在徽州歙、休、黟、祁、婺、绩六县被发现，而且在部分徽商经商所在地域，徽州邻县亦有少量的可用作比照的文书面世。在美国 哈佛大学图书馆收藏900余件有关徽州资料，其中有七八百封与明末岩寺方用彬有关的信札。在山东省图书馆也藏有从南宋宝祐四年（1256年）到明代的崇祯十二年（1639）的徽州契约31张。据最新预测，徽州文书总数当在50万件以上。